五月的最后一天，张好古小心翼翼地捧着当月研究院和邮政司的详细报表，步履匆匆地再次踏入宫廷，前往面见当今圣上。当他将那叠厚厚的报表呈递到皇帝面前时，皇帝仔细翻阅着，目光落在那些不断递增的数据之上。原本在朝堂上总是一脸严肃的皇帝，此刻却渐渐露出了欣慰的笑容，脸上的阴霾一扫而空。
只见皇帝微微颔首，满意地说道：“张卿家，这月的成绩着实斐然呐！这些数据充分证明了你治理有方、勤勉尽职。”说罢，皇帝忍不住对张好古连连夸赞起来。接着又笑道：“朕该如何赏赐你才好呢？”
张好古心头一热，但还是强压着激动之情，深吸一口气后，鼓起勇气跪倒在地，诚恳地说道：“陛下隆恩，微臣感激涕零。但微臣实在无需更多赏赐，陛下赐予微臣的已然丰厚无比。今日斗胆恳请陛下开恩，饶恕微臣的师兄孙元化一命。”
闻听此言，崇祯帝的脸色瞬间阴沉下来，刚刚的笑意消失无踪，取而代之的是满脸怒容。他猛地一拍龙案，震得桌上的笔墨纸砚一阵乱颤，大声呵斥道：“大胆张好古！莫非你以为立有微功便能要挟朕不成？功就是功，过便是过，两者不可混为一谈！难道你不清楚孙元化所犯下的罪行究竟有多严重吗？你竟然还敢替他求情，要朕饶他性命！国法纲纪岂容随意践踏？若凡事皆由朕一人说了算，那还要律法何用？”
皇帝越说越是气愤，声音愈发高亢：“那孔有德、耿仲明、李九成等叛逆之徒，皆是以孙元化为首！倘若孙元化能够早些率军征讨叛贼，何以酿成如今这般大祸？大片疆土沦陷敌手，无数百姓流离失所，钱粮物资尽皆落入贼人之手，就连精良的火器也被敌人夺去！你倒是说说看，面对此情此景，朕怎能饶他不死？”
张好古深知师兄所面临的艰难处境，自从将孙元化成功解救出来之后，便开始仔细地剖析此事。
先从政治层面来看，朝中的诸位大臣们整日里忙着拉帮结派、互相争斗，根本无暇顾及国家大事和百姓疾苦；而当今圣上又生性多疑，对臣子们缺乏足够的信任。如此一来，整个朝廷上下都充斥着暴戾之气，人人自危。孙元化本是一位才华出众的官员，一心想要为国为民做些实事，却终究还是难以逃脱残酷的政治斗争旋涡。
再谈到军事方面，那场令人震惊的吴桥兵变更是给局势雪上加霜。仅仅因为一次小小的补给延误，孔有德率领的军队竟然就此叛变大明，进而攻破了登州城。尽管孙元化本人在这场浩劫中选择自刎以表忠心，可惜并未成功，还不幸落入敌手成为了敌军的俘虏。然而最让人痛心疾首的是，事后首辅温体仁等一干奸臣竟借机诬陷孙元化为叛军同谋，颠倒黑白、混淆是非。
可怜的孙元化，虽在被俘后侥幸得以被自己救回，但那莫须有的罪名早已如附骨之疽般深深地烙印在了他身上。这无端的诬陷不仅让崇祯皇帝对其丧失了最后的一丝信任，更直接导致了这位忠臣良将最终被处以极刑。
失去利用价值：
尽管自己历经千辛万苦、冒着生命危险从敌营中将孙元化成功解救出来，但令人意想不到的是，崇祯皇帝竟然冷酷无情地认为此时的孙元化已然没有了丝毫的统战价值。面对这样的判断，崇祯皇帝没有表现出哪怕一丝一毫的犹豫，果断地下达了将孙元化处以极刑的命令。
朝廷内部问题：
现下的朝廷，政治腐败已经到了病入膏肓的地步，各种内部矛盾更是如同一团乱麻般错综复杂。在这种恶劣的环境下，许多原本满怀壮志、才华横溢的官员都难以施展出自身真正的能力与抱负，孙元化不幸成为了这众多受害者中的一员。
首辅周延儒念及与孙元化之间深厚的情谊，不惜赌上身家性命也要拯救自己的师兄于危难之中。为此，他甚至被迫辞去了首辅之位。然而，即便是做到如此程度，也未能改变崇祯皇帝那坚定不移的处决之心。
据自己所知，师父也曾在私底下多次为孙元化向皇帝求情。师父深知孙元化乃是国家难得一见的人才，若能留其一命，必能为大明王朝做出更多贡献。为了救下孙元化，师父甚至不惜以自家整整二十三口人的性命作为担保。但即便如此，崇祯皇帝依旧不为所动，始终不曾松口放过孙元化一马。
温体仁一心想要将周延儒、徐光启等人排挤掉，从而登上首辅之位。为此，他不择手段地发动其所属派系，处心积虑地将其师兄所存在的一些小问题无限放大，并全然不顾大明的江山社稷这一重要防线，只为满足自身的私欲。更为糟糕的是，当今圣上竟然偏听偏信温体仁的一面之词，完全不考虑可能带来的严重后果，便轻率地下令对师兄孙元化予以惩处。
张好古继续求情说道：“恳请皇上您大发慈悲，饶恕我的师兄孙元化一命吧！可以让他以戴罪立功的方式来弥补过错，哪怕从此之后永远成为平民百姓也无妨啊！要知道，如果我们的研究院能够留住他，那么就相当于拥有了数万精锐雄师一般强大。因为他对于各种知识的掌握程度远远胜过我以及宋应星许多。日后，我们国家还需要依靠他去潜心研究那些至关重要的国之重器呢！比如说并非由马匹拉动的自行行驶的钢铁巨兽般的战车，还有不需要借助风力、无需风帆便能自主驱动前行的水上堡垒——战舰。一旦这些研发工作取得成功，届时咱们大明朝必将真正展现出威震四方、万邦来朝的恢宏气势。到那个时候，皇上您将会超越秦皇和汉武，成为当之无愧的一代伟大帝君啊！”