药师兜，从小被志村辉的锅影老爹当做间谍培养，并且让其游历于各国之间。
药师兜是一个孤儿，从小就被木叶孤儿院的院长药师野乃宇收养。这个药师野乃宇是根组织的成员，原本从根脱离的她，摆脱了血腥的世界投入了福利慈善行业之中。
志村团藏却不想放弃这么好用的棋子，本着“绝不浪费”的传统美德，志村团藏以孤儿院的资金威胁药师野乃宇为自己效命。
为了孤儿院的孩子着想，药师野乃宇只能再次捡起老本行开始间谍工作。
可是贪心不足的团藏依旧逼迫药师野乃宇孤儿院里的兜作为间谍忍者培养，并且在最后决定杀死这两个掌握了自己许多情报的部下，于是精心安排了照片欺诈骗局，诱使二人自相残杀。
计划到这里，志村团藏的心黑已经升华到了堪称艺术的水准。
也是因为这件事情才间接诱使了药师兜一步步成长为了后期大boss之一，致使药师兜中二癌晚期爆发，失去了生存意义的药师兜就开始了作妖，直接参与并且引爆了第四次的忍界大战。
这是原剧里的剧情，可这一世中有志村辉的干预下，志村团藏最终取消了这个计划。团藏取消的原因就是被察觉该计划的亲儿子逼迫所致，志村辉大闹根组织基地的光辉往事。
志村辉怎么可能看着自己的蠢B老爹去“培育”出一个大boss呢？果断地干预了这个计划。以自己根组织二当家的权柄，召回了药师兜和药师野乃宇二人，并且说服了四代目火影波风水门出资援助了孤儿院，并且大量吸收火之国的孤儿作为忍者后备力量储存。
木叶依靠着山中一族来排除孤儿是间谍的可能性，志村辉的这个计策也成为了壮大木叶忍者力量的重要一环。
也因此药师野乃宇和药师兜纳入了四代目派系的保护之下，彻底是摆脱了根组织的纠缠。
也因为这件事情，让志村辉明白自己必须要在根组织内拥有自己的力量，于是便在与波风水门的合谋并且向团藏施压夺权。
最终志村辉得到了根组织三分之一的调配权力，不过这个结果和他们的试压没有太大关系，反而是在志村团藏有意退让下，才让志村辉成功获取了权柄。
药师野乃宇二人都对解救他们的志村辉感激涕零，安顿好了二人的生活后，志村辉就没有多去关注二人的事情了。
没想到在多年后自己找到大蛇丸要求合作时，志村辉在大蛇丸这里再次见到了药师兜。不过这一次药师兜的身份不是原着里的助手身份了，而是身为大蛇丸的弟子身份立足的。
据与大蛇丸的交谈中方才知晓，原来大蛇丸未叛离木叶时就看重了药师兜的天赋，于是后来收其为自己的弟子兼助手培养。在大蛇丸叛出木叶时，药师兜也跟着大蛇丸离开了。
后来奇怪于为何药师兜放着好好的生活不过，反而跑去和大蛇丸混了。志村辉私下和药师兜谈过了，药师兜才缓缓道出原因。
随着四代目火影的死去，孤儿院的资金供给也断了。为了孤儿院的存续，药师兜决定跟随愿意提供资金的大蛇丸。
在给大蛇丸打工的期间，药师兜发现自己越发着迷于科学这份事业，希望用余生都投入在这个伟大而又神圣的行业。
不仅仅能够为孤儿院赚到足够的资金，还能够做自己感兴趣的工作，药师兜又有什么理由拒绝。而看重药师兜研究方面天赋的大蛇丸，也是对这个弟子非常满意，其在治疗忍术上的造诣和研究天赋帮了大蛇丸不少的忙，自然对其非常看重。
两人一拍即合，所以即便叛村后，药师兜也依旧在大蛇丸手下工作。
不过药师兜依旧没有忘记志村辉对其的再造之恩，对于志村辉依旧是无比的尊敬和爱戴。
志村辉见其心意已决也就不多说什么了，不过最后依旧是让其定期给自己传递大蛇丸的情报，间谍功底深厚的药师兜最后也答应了志村辉的请求。
虽然这一层关系很快就被老谋深算的大蛇丸得知了，并且当面戳破了二人的关系。
不过就算这样，大蛇丸也依旧不舍得放弃和志村辉的合作，于是默认了药师兜在自己这边的间谍工作。除了不让其将研究报告转交给志村辉外，其他的情报爱怎么汇报就怎么汇报。
这种诡异的关系一直延续了一年之久。
志村辉和药师兜互相打了声招呼后，便转头对大蛇丸开口道：“如何，医疗工作什么时候开始？”
“最后调试一分钟，然后随时可以开始治疗手术。”
大蛇丸摆弄着貌似是显微镜的仪器，左手扭转着仪器左边的圆轮，调整着参数。
一分钟过后，大蛇丸所有的准备都弄好了，药师兜也是带上了医护手套准备手术。
志村辉转头看着拉着自己手的君麻吕柔声说道：“君麻吕，去吧，手术后困扰你身体的血迹病就可以根除了。”
君麻吕点点头，将手中的棒棒糖交给了志村辉保管后，顺从地躺在了手术台上。
大蛇丸脱光了君麻吕的上衣，露出其洁白的肌肤和那初具规模的小肌肉。用仪器检测君麻吕身体，大蛇丸看见仪器上显示的数据信息后惊叹地说道：“真是难得，年纪这么小就已经觉醒了尸骨脉，血迹病比较半年以前未觉醒血迹界限时还要严重。”
君麻吕觉醒了尸骨脉的事情没有瞒过大蛇丸的眼睛，君麻吕的天赋远在水无月白之上，之前雾隐村的下忍考核中也是轻松取得了第一名的成绩。
对君麻吕更为了解的志村辉知道，八岁的君麻吕身体里蕴含着多么惊人的潜力，志村辉半年来亲自训练教导的君麻吕，如今的实力已然是特别上忍的水准了。
八岁的特别上忍，即便是十二岁达到上忍的卡卡西也难以比较。君麻吕进步的速度没有半点下滑的迹象，初觉醒血继界限的他对比旗木卡卡西有着更大的可能性，将来要超越原作中不开万花筒的卡卡西还是很轻松的。
听到大蛇丸说君麻吕血迹病更加严重后，志村辉皱眉问道：“影响治疗手术的进行吗？”
血迹病，顾名思义就是因为血继界限而带来特种病，随着辉夜一族的血继界限开发程度的提高，这种血迹病会变得更加严重，最终辉夜一族的忍者都会随着实力提升而过早去世，在原作中大蛇丸都没有办法解决这个问题。
“问题不大，初代目细胞的研究技术我也有了长足的进展，这点问题不算什么。”大蛇丸轻笑地说道。