大古、藤宇和老秦带领探险队在神秘外星生物的指引下，朝着星球的核心深入。一路上，他们看到这个星球的生态环境变得越来越糟糕，原本葱郁的植被变得枯黄，河流干涸，空气中弥漫着一股腐臭的气息。
当他们接近核心区域时，那种熟悉的诡异气息愈发浓烈。藤宇皱着眉头说。
“没想到又是诡异造成的，看来它们已经在宇宙中扩散得很严重了。”
在核心区域，他们看到一个巨大的黑暗漩涡，无数的诡异生物在漩涡中进进出出，似乎在不断地汲取这个星球的能量。这些诡异生物的形态比他们之前遇到的更加扭曲和恐怖，有的像巨大的骨架，有的像流淌着黏液的肉块。
外星生物对着大古他们说。
“就是这个黑暗漩涡在吞噬我们星球的生机，我们尝试了很多方法都无法阻止它。”
大古看着眼前的黑暗漩涡，坚定地说：“我们一定要阻止它。”
藤宇再次拿出银河火花人偶，变身成银河奥特曼。银河奥特曼冲向黑暗漩涡，他施展出银河岩浆风暴，将银河圣剑插入地表并注入能量攻向黑暗漩涡。然而，黑暗漩涡只是微微颤抖了一下，并没有被破坏。
赛罗奥特曼（藤宇切换形态）紧接着使出赛罗双射线，强大的光线与银河岩浆风暴的能量融合在一起，朝着黑暗漩涡冲去。这次，黑暗漩涡的旋转速度减慢了一些，但诡异生物们开始疯狂地反击。
它们从黑暗漩涡中涌出，朝着银河奥特曼和探险队扑来。大古和胜利队队员们用武器抵挡着诡异生物的攻击，老秦则在一旁寻找黑暗漩涡的弱点。
在战斗中，银河奥特曼发现，每当诡异生物从黑暗漩涡中出来时，黑暗漩涡的能量就会短暂地减弱。他想到了一个办法，他朝着大古喊道：“大古，我来吸引这些诡异生物出来，你找机会攻击黑暗漩涡的中心。”
大古点了点头。银河奥特曼开始主动挑衅诡异生物，他不断地使用银河超级拳术和银河超级踢术，将一波又一波的诡异生物从黑暗漩涡中引出来。
随着越来越多的诡异生物被引出，黑暗漩涡的能量波动变得越来越不稳定。大古看准时机，拿出神光棒变身成迪迦奥特曼。迪迦奥特曼施展出哉佩利敖光线，光线直直地朝着黑暗漩涡的中心射去。
与此同时，地球这边，各国正在和诡异生物进行着艰苦的战斗。联合国组织了全球的军事力量，在空中、陆地和海洋上与诡异生物对抗。
飞燕号等各种战斗机在天空中穿梭，向诡异生物发射各种高科技武器。地面上，巨大的机甲战士与体型庞大的诡异生物近身搏斗，每一次攻击都伴随着强烈的震动。
海洋中，特制的潜艇也在和从海底出现的诡异生物战斗。科学家们还研发出了一种能够暂时驱散诡异生物的能量护盾，在城市周围建立起一道道防护线。
但是，诡异生物的数量太多了，而且它们不断地进化，变得越来越难以对付。
回到神秘星球，迪迦奥特曼的哉佩利敖光线击中黑暗漩涡中心后，黑暗漩涡开始剧烈地摇晃起来。银河奥特曼趁机施展出银河ESpEcIALLY，全身水晶发出强烈的七色光芒，聚集所有的力量，从全身持续发射银河般的强力光弹，朝着黑暗漩涡射去。
在他们的联合攻击下，黑暗漩涡终于承受不住，开始崩溃。里面的诡异生物发出痛苦的嚎叫声，随着黑暗漩涡的消散，它们也灰飞烟灭。
神秘星球的危机解除了，外星生物感激地对大古他们说。
“谢谢你们拯救了我们的星球，现在我们愿意与你们共享那个能量源。”
大古、藤宇和老秦带着能量源回到地球。这个能量源的到来，为地球对抗诡异生物带来了新的希望。科学家们利用这个能量源开发出了更强大的武器和防御系统，地球开始逐渐扭转战局，与诡异生物展开最后的决战。
大古、藤宇和老秦带着能量源回到地球后，科学家们争分夺秒地对其进行研究和开发。新的武器系统逐渐成型，这些武器利用能量源的特殊能量，能够对诡异生物造成巨大的伤害。
同时，地球各国也加强了联合防御体系。在太空中，新的卫星防御网建立起来，这些卫星搭载着基于能量源开发的高能射线炮，可以在诡异生物靠近地球时进行远距离打击。
然而，诡异生物似乎察觉到了地球的变化，它们的攻击变得更加有组织性。一大波诡异生物聚集在一起，形成了一个巨大的黑色球体，朝着地球冲来。这个黑色球体直径达数千公里，所到之处，宇宙空间都被扭曲。
胜利队全员出动，驾驶着升级后的飞燕号战机朝着黑色球体迎击。大古和藤宇也分别变身成迪迦奥特曼和银河奥特曼，飞向宇宙空间。
迪迦奥特曼和银河奥特曼率先发动攻击，他们施展出最强的光线技能，试图打破黑色球体的防御。可是，黑色球体表面有一层强大的能量护盾，光线打在上面只是泛起一阵涟漪。
就在这时，地球上的卫星防御网启动，高能射线炮集中火力朝着黑色球体射击。黑色球体的护盾在卫星火力的攻击下开始闪烁，出现了一些薄弱点。
银河奥特曼发现了这个机会，他切换成赛罗奥特曼，利用赛罗双射线朝着护盾的薄弱点攻击。迪迦奥特曼也配合着使出迪迦强力型的迪拉休姆光流。
在他们的联合攻击下，黑色球体的护盾终于被打破。球体内部的诡异生物如潮水般涌出，朝着迪迦和赛罗扑来。
赛罗奥特曼在空中灵活地穿梭，使用赛罗头镖切割着靠近的诡异生物。迪迦奥特曼则在近距离使用强力的拳脚攻击，将诡异生物打得粉碎。
地球上的胜利队队员们也没有闲着，他们操控着战机深入到诡异生物群中，发射出新型的能量导弹。这种导弹爆炸后会释放出抑制诡异生物再生的能量波。
随着战斗的持续，诡异生物的数量似乎并没有减少。突然，黑色球体的中心出现了一个巨大的诡异生物母体。这个母体外形像一个巨大的眼球，周围布满了触手，它释放出强大的精神力波，影响着周围的诡异生物，使它们变得更加疯狂。
迪迦奥特曼和赛罗奥特曼感觉到精神力波的干扰，行动变得迟缓起来。就在他们努力抵抗的时候，地球各国联合发射了一种新型的超级武器——量子能量脉冲炮。
量子能量脉冲炮聚集了地球各地能量源的力量，发射出一道巨大的能量脉冲，朝着诡异生物母体射去。能量脉冲穿透了层层诡异生物的阻挡，击中了母体。
母体受到攻击后，发出一声痛苦的咆哮。它周围的触手开始疯狂地挥舞，释放出一道道黑暗能量，试图反击。
迪迦奥特曼和赛罗奥特曼趁机恢复了行动能力。他们决定联手发动一次超级攻击。迪迦奥特曼将自己的光能注入到赛罗奥特曼体内，赛罗奥特曼全身光芒大盛。
赛罗奥特曼施展出全新的融合光线技能——迪迦 - 赛罗究极光线（自创）。这道光线融合了迪迦奥特曼的力量赛罗奥特曼的力量，朝着诡异生物母体射去。
光线击中母体后，引发了一场巨大的爆炸。母体的身体开始消散，周围的诡异生物也像是失去了控制，变得混乱起来。
胜利队抓住这个机会，再次发动攻击，将剩余的诡异生物一一消灭。
可是，大家都知道，这只是暂时的胜利。宇宙中的诡异生物仍然存在，而且可能还会有更强大的存在在暗处等待着。
大古和藤宇变回人形后，和老秦一起商讨着未来的计划。他们决定继续探索宇宙，寻找诡异生物的源头，只有彻底消灭源头，地球和宇宙才能真正获得安宁。
于是，他们带领着胜利队和诡异探查组织，再次踏上了宇宙探索之旅，而地球则在新的防御体系下，随时准备应对可能再次出现的危机。