辉夜强大的实力前所未见，但两人的实力也有点超出了辉夜的预计。
黑绝提议实行各个击破，于是辉夜单独将佐助转移至沙漠世界。
佐助使出浑身解数也无法离开异空间，而此时樱和带土合力开启了空间通道呼唤佐助，佐助在最后时刻使用“天手力”瞬间与远处空间互换位置，成功离开沙漠与鸣人重新汇合。
看到二人再度联手，辉夜也开始担心起来，于是她发动了超重力空间，使出绝招“共杀灰骨”打算结束战斗。
带土为保护二人而牺牲，但也为佐助的瞳力恢复争取了宝贵的时间，同时激发了鸣人的斗志，并且还在自己死后将查克拉附着于卡卡西身上，使其短时间内拥有万花筒的能力。
最终第七班在卡卡西的指挥下，进行了最后一次完美的配合，封印了辉夜。
大筒木辉夜被封印后，六道仙人与17位已逝去的五影共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。
之后六道仙人解除秽土转生与净土召唤，17位五影的灵魂回归净土。六道仙人希望鸣人与佐助两人能同心协力解开无限月读，但佐助却突然宣称自己要发动“革命”.
并扬言要将现任五影处决，接着使用幻术和地爆天星封印了九大尾兽。鸣人决定出面制止佐助，两人前往终末之谷展开宿命之战。
佐助否认了鸣人追求和平的方式，认为要真正实现和平，应独自背负着全世界的仇恨，使忍界有一个公敌，才能让人们团结起来。
而鸣人是他现存唯一的羁绊。只有亲手杀死鸣人，才能完成这个目标。
在鸣人与佐助的战斗中，两人在终结谷展开了各自最强大的力量，两人在双杀的瞬间分别使用螺旋丸与千鸟互相打断双方的手臂，柱间与斑的雕像也因此被产生的巨大风波所摧毁。
随后两人因重伤而躺在地上，望着如此坚持制止他的鸣人，佐助表示自己对于鸣人的做法感到疑惑不解，
自己也想自我了结来赎罪，鸣人则告诉佐助自己早已将他视为朋友，所以无论如何都会分担他的痛苦，阻止他身陷黑暗。
佐助回忆自己和鸣人邂逅的点点滴滴，最后笑着承认鸣人才是这场对决里真正的赢家。
之后樱和卡卡西抵达终末之谷，为重伤倒地的二人疗伤。佐助首次坦然接受内心感情，为之前所犯下的错误向樱道歉，并与鸣人一同解开了无限月读，救出了深陷幻术中的人们。
返回村里休养直至康复后，佐助告知卡卡西和樱他即将再度启程，远行他方看一看曾经因为自己被仇恨蒙蔽了双眼而错过的人和事。
佐助婉拒了樱希望与之同行的请求，并答应自己会再度归来。
才离村没多久，鸣人出现在佐助的面前，把当初被自己用螺旋丸划过的木叶护额还给佐助。佐助收下护额，承诺履行忍者的职责，两人就此告别。
终末之谷大战后，旗木卡卡西接替纲手成为火影，若干年后，漩涡鸣人接替卡卡西成为火影。在新一届五影会谈中，由奈良鹿丸担任鸣人的护卫。
鸣人在位期间，鹿丸和他是完美搭档，他们之间的组合像极了当年的初代火影柱间与二代火影扉间；一个拥有强大实力和美好的畅想，一个拥有将其实现的头脑。
佐助与樱成为了夫妻，两人育有一女——宇智波佐良娜。
成年后的佐助是一位不佩戴护额的独立忍者，但在五大隐村中有着较高的地位。
为了进一步调查辉夜之迷，佐助长期在外，自女儿懂事后便没回过家，这也引起了女儿的不满。
六年后，佐良娜决定去见见自己的父亲，于是跟在第七代火影——漩涡鸣人身后离开了村子，最后在峠塔见到了佐助。
经过一系列的误会、开导和谅解后，佐良娜的心终于再次与父母连在了一起。在和家人短暂相聚后，佐助带上承载着家人之爱的便当再次出发，佐良娜则下决心要当上火影。
引领新一代--在辉夜的异空间执行任务的佐助，发现新的敌人大筒木桃式正在逼近，于是来到鸣人处商讨对策。
此时，鸣人长子博人听闻佐助是“鸣人唯一的对手”，为了知晓父亲的弱点而请求佐助收自己为徒。
深明朋友状况的佐助在提出了“先学会螺旋丸”的条件后，约定成为博人的师父。
在修行过程中，佐助意外地发现了博人的巨大潜力。
博人因在中忍考试中作弊而被取消下忍资格，忍者护额也被鸣人没收。这时桃式来袭，鸣人为保护村子而被抓。
同样曾被取消下忍资格的佐助，在博人的身上看见了鸣人的身影，于是将自己少年时期被鸣人用螺旋丸划上叛忍象征的护额赠给博人。
接着，佐助带着博人和四影进入异空间解救鸣人。最终在佐助与鸣人的引导下，博人成功消灭了桃式。
从此博人决定要成为像佐助一样暗中守护村子的人，协助选择成为火影的佐良娜。
岳章看着眼前的这个男人，知道他可是个神秘的存在，会的忍术简直数不胜数，眼前的这一巨大的紫色骷髅就是佐助的“须佐能乎”。
“须佐能乎”：寄宿在万花筒写轮眼中的究极力量，将巨大的查克拉实体化后形成的魁梧的战神进行战斗，攻防一体的终极瞳术，并且会随着使用者的瞳力加强而让须佐能乎分阶段成长（共四个阶段）。
必须拥有一双配对的万花筒写轮眼才能使用，须佐能乎的颜色和所配备的武器根据使用者的不同而有所区别。
佐助在开启万花筒写轮眼后，在大闹五影会场中使用了须佐能乎，武器为为弓箭，攻击速度极快，弓身很巨大能够当作盾牌抵挡敌人攻击，射出的箭可变化为黑炎。
佐助突然动了一下手，“须佐能乎”开始伸出长长的骷髅手朝着岳章抓去。
岳章举起九齿钉耙一耙子反击过去，骷髅手指跟九齿钉耙相撞，骷髅爪子直接粉碎。