他认为，或许能在某处再次遇到能够改变这个世界的弟子，大蛇丸认为自来也没事找事做，随后自来也询问大蛇丸难道不打算找后人继承自己的忍道吗？
大蛇丸说自己仅有的心愿是能够学会这世间所有的术，然而，纲手与自来也一致认为，就算再怎么精研于术，人的生命也都不会永恒.。
由于大蛇丸接连目睹了纲手的弟弟绳树、加藤断以及父母的死，他意识到，人的生命真是太脆弱了。
人体里埋藏着许多一辈子都无法发挥的力量，如果能解放这个力量，就能不死。
随后大蛇丸展开实验，他将白色的蛇蜕视为护身符，因为这是很珍贵的，象征着再生和幸运的护身符。
虽然死人很难复生，但是大蛇丸已经找到再生的线索了，让肉体活性化，人就会变得更强，与此同时也会提高再生能力。
后来大蛇丸潜入木叶的禁术基地，杀死了护卫，令大蛇丸无比震惊的是，由第二代火影扉间所发明的禁术，塞满了整个木叶藏书室。
大蛇丸为了窃取这些忍术，翻阅了无数的忍术卷轴，令大蛇丸极为迷恋的是，他无意间找到了第二代火影，开发的究极禁术秽土转生的卷轴。
大蛇丸知道这个禁术的厉害之处。可是学会这个禁术最少要一个月的时间，由于大蛇丸的野心极大，他想要学会这里的所有忍术。
但他知道，人的生命是有限的，不可能获得所有忍术，就算用再生忍术来延长寿命，依然有极限，死了就是失去一切。
于是，大蛇丸花费了多年时间，开始秽土转生与不尸转生的研究。
曾经，初代火影柱间在与宇智波斑的激战中，使用木遁秘术制服了九尾，但是在他之后没有人继承此术，要想制服尾兽，写轮眼或木遁必不可少。
于是，木叶村开始倾尽全村之力，为复活初代木遁秘术而做起研究。
然而，在自愿成为试验体的成年人身上，进行的柱间细胞移植试验，却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来。
然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿。
他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去。
在筛选下一任火影之时，团藏曾打算推荐大蛇丸上位，以加强自己手中的权力，但三代目火影认为大蛇丸，眼中隐藏邪恶和野心，不打算将火影的重任托付到大蛇丸身上。
随后木叶高层一同推举自来也的徒弟波风水门，因此，加深了大蛇丸对三代目火影的憎恨。
随后团藏来到大蛇丸的实验室，大蛇丸认为第三代的本意，是要将水门当做傀儡，从而师徒一同控制木叶，团藏意识到照这样下去，木叶没有未来。
随后大蛇丸表明只要将木遁移植实验研究成功，掌控木叶村的权利简直易如反掌，团藏也为掌控权利，等待着时机成熟从而实施强硬手段。
之后，团藏带着自己的部下甲、乙、丙离开了大蛇丸的实验室。
大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
后来，大蛇丸在准备处理试验尸体的时候，因为其它的实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。
在他叛离木叶的时候，自来也曾追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。
后来自来也仍因为当时，无法把走向歧路的伙伴劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。
不久后，在刚获得风魔一族的认同后，收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备夺取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。
当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽，在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。
相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近完成。
在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬的幻术定住。
因为大蛇丸与晓组织的目的不同而最终离开晓，然而却在途中遭到迪达拉与蝎的追杀，随后大蛇丸第一次使用第二代火影开发的究极禁术秽土转生，召唤出三代目风影与蝎、迪达拉对战。
然而，因为秽土转生的精良度不够高，因此使三代风影挣脱了秽土转生的控制，大蛇丸之后将自己变为大蛇逃跑。
迪达拉与蝎找了很久，也没有找到大蛇丸的尸体，蝎意识到自己并没有杀死大蛇丸，迪达拉声称下一次见到大蛇丸一定杀死他。
佩恩询问宇智波鼬这是什么忍术，鼬知道这是第二代火影开发的秽土转生之术，能够复活死者并随意操控。
而且有不死身，所以只能用封印术，或用武力禁锢对方的动作，即使杀死施术者也没有用，随后，佩恩下令今后留意大蛇丸的行动。
后来大蛇丸集结势力，在田之国建立了自己的忍者村－音隐村，护额是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。
十二年后，此时的大蛇丸已进入中年时期，他与第四代风影?罗砂结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。
他以部下药师兜作间谍潜入木叶隐村，而他自己也伪装成一名来自草隐村的女中忍考生混入木叶隐村。
在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因为大蛇丸打算以佐助的身体作转生容器，所以给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他追求力量。
后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。
在第三场中忍正式考试中，伪装成四代目风影的大蛇丸受三代目火影特意邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场与三代目火影一同观赏这场淘汰赛。