阿笠博士宅，柯南还在跟阿笠博士讨论东洋火药库失窃案和最近频繁发生的纵火案，以及能不能让阿笠博士制作一个工藤新一的机器人代替柯南去参加晚上的约会。
“我找工藤新一。”阿笠博士接起了从工藤宅转接过来的电话，听到电话那边是找工藤新一的就将电话递给柯南，提醒柯南对面也是用变声器的可疑人物。
调整好领结变声器，从阿笠博士手中接过电话。机械伪装过嘶哑的声音从话筒对面传来“工藤新一，你看到新闻报道了吗？从东阳火药库把炸药偷走的人就是我。”
“什么！”柯南没想到工藤新一失踪了那么久都没人来找他，好不容易来了一个找他的人还是近段时间的闹得沸沸扬扬的偷窃高能量炸药的犯人。
“你现在立刻带着手机到堤向金川绿地公园来，我让你看一样有意思的东西。不快去的话，那些小孩就要死了。”说完，小黑挂断了电话。
柯南抱着滑板夺门而出，走的时候还不忘嘱咐阿笠博士向目暮警官说明情况。
开着滑板一路疾行，逆行机动车道、扒拉着台阶、在人行道横冲直撞。终于赶到堤向金川绿地公园，发现了在那里玩遥控飞机的少年侦探团三小只。
目测遥控飞机下面绑着几团不明物体，旁边的步美还说这是一个胡子爷爷给他们的轰炸机。柯南确定有炸弹，但没有抢过粽子头元太，争执之间遥控器摔落在地。
被摔坏的遥控器，即便是在夏威夷进修过的柯南也挽救不成失控的遥控飞机。情急之下，柯南启动老年健步鞋，把遥控器踢向了遥控飞机从而提前引发爆炸。
奥克托金制作成的塑胶炸弹稳定性弱于威力小但更便宜的黑索金制成的c4炸弹，或者说是柯南踢这一脚的力道太大了，不然没有雷管引爆器的话是不会爆炸的。
“工藤怎么没来，他觉得像我这种对手拍你这个小鬼就够了吗？”处理完遥控飞机上的炸弹，柯南接到炸弹犯的电话，意识到这个犯人正在某个地方看着他。
小黑似乎有点生气，“你仔细听好，一点整还有另一个炸弹会爆炸，地点是米花车站前的广场。既然工藤没来，那就由你去找出来吧。”
“等一下，你只说这些我还是小孩子怎么会知道嘛！再多给我些提示吧！”柯南发动技能，柯南式卖萌。
小黑咬咬牙，显然是中招了，继续说道，“树底下，不过可不是埋在树底下，你不快去的话说不定会被人拿走哦。”
柯南又继续赶到米花车站，一番寻找后发现一个老奶奶从树下的长椅下面找到一只装在箱子里被遗弃的小猫。
树的底下，树根（NEKKo），猫（NEKo），柯南懂了。原来犯人给他这个小孩的提示是这个意思，他看到柯南是个小鬼头就不可能出太难的提示，用的是日语的字音这种小学生都知道的东西。
从刚才选好观察米花车站炸弹位置的二楼快餐店跑下来，那个老奶奶已经走在路边拦下了一辆出租车。在市中心的车站闲坐着，还能毫不犹豫的收养被别人遗弃的小猫，这个老奶奶一看就不是缺钱的人。
柯南急忙赶到马路上去追，结果旁边冲出来一辆摩托车，将柯南撞倒在地，柯南手中的滑板也从手中摔落下来。等到站起身来，身前的几辆机动车行驶过去，老奶奶坐的出租车也已经离开。
一看距离犯人预告的炸弹爆炸还有五分钟，柯南继续滑着滑板，从机动车道驶过，冲开过马路的人流，终于看到了前方因堵车而慢下来的那辆出租车。
可惜滑板已经在刚才摔出去的时候被撞坏了，速度慢下来的柯南抢过路边比他外表大四五岁的小弟弟的自行车，抄小路飞过重重台阶，落在了出租车前方。
当然，区区出租车是撞不到柯南的，司机停下来查看情况，而柯南直接钻入车里将那只小猫所在的宠物箱拿了出来。
还剩16秒的时候，计时器停了下来，柯南趁机骑着单车想要将炸弹送往高速公路后面的空地。路上计时器又恢复了计时，但柯南是谁？有惊无险地，用最后五秒钟将炸弹送往了无人的空地。
爆炸现场掀起一阵浓烟，柯南在浓烟中滚了几滚，确定了这个世界有“有烟无伤”的定律，柯南放心地昏迷了过去。
醒来的时候，柯南已经躺在了绿台警察医院病房的床上。阿笠博士、少年侦探团的三小只，严肃地盯着躺在床上的柯南，看到柯南醒来，终于露出了笑容。
原本沉默的小五郎，站起来冲柯南激动地怒吼，“柯南，快给我解释清楚！”江户川文代夫人才把1000万日元的抚养费交给他几天，就出了这种严重的安全事故。
医生对醒来的柯南做了简单的检查，符合有烟无伤定律，明天即可出院。小五郎谢过医生后，目暮警部带着白鸟警官进来向柯南问话。
一番询问后，几个人互相交流案情。
首先，偷窃东洋火药库的犯人应该是借用“米花之狼”引起的风声，让警方倾向于去调查“米花之狼”而忽视其他的破案方向，给实际上的犯人实行爆炸计划和制作炸弹争取了充足的时间。
犯人对工藤新一有个人仇恨，但工藤新一破获案子的犯人都没有出狱的。这些案子中，影响最大的就是西多摩市的冈本市长的儿子浩平为父顶罪的案件。
因为那件案子的关系，冈本市长黯然下台，他策划的西多摩市新城镇建造工程也就此搁置。
白鸟警官怀疑是冈本市长的儿子浩平对那次的事件怀恨在心，而且他还是电子工程系的学生，有很大的嫌疑，白鸟警官就去调查他去了。
少年侦探团的步美给目暮警部和柯南又提供了，犯人身上有奇怪香味的线索，之后三小只就放心地乘坐新干线就回家了。
放在桌角的、属于工藤新一的灰蓝色翻盖老式大部头手机，响起了铃声，是炸弹犯又打了电话过来。
“想不到你真的找到了那个炸弹，值得奖励，但是小孩做游戏的时间已经结束了，叫工藤过来！”柯南将手机递给了小五郎。
小五郎打开扩音，将手机放在柯南躺着的床上，在众人中间，“现在开始就是大人的时间，工藤不在这里，让我来对付你，我是名侦探毛利小五郎。”说完，小五郎整理了一下领带，似乎更有名侦探的风范。
“也好，我只说一次，给我听好了。我在东都环状线上装了五个炸弹，从今天下午四点开始，电车时速若低于60公里，炸弹就会爆炸。另外，日落时还没拆除的话，炸弹也会爆炸。”
电话那头的犯人开着变声器，不急不慢地说道。
“我只给你一个提示，五个炸弹都安装在东都环状线的xx之x那里。每个x都代表一个汉字，那么请加油吧！毛利名侦探。”
……
柯南想起了之前在新干线上遇见的那个奇怪男人。
“正确答案是两轨之间！”
“歹徒安装了可测速的制动型炸弹，只要是车速启动后超过60公里，炸弹就会开始启动，假若车速慢下来低于60公里，炸弹就会爆炸。”
之后，那个男人抱着黑衣人送给交易对象伪装成黄金情报的炸弹，掉入海中，只剩下了一节手臂。