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刘恭到诏狱自行下狱后，一直无人问津。刘恭无奈，只好返回殿中，殿内已空无一人，找不到刘玄。刘恭找到定陶王刘祉，刘祉带着亲兵与刘恭一起寻找。
一群人刚出城，就听到后面有人在喊刘祉的名字，原来刘玄出城后听到有马蹄声，忙躲进树丛中，见是刘祉，这才出来。
刘祉护着刘玄逃到渭水河畔，被长安右辅都尉严本带着人马追上。刘祉原本想带着刘玄去投奔刘秀，但严本担心赤眉会诛杀自己，不让刘玄逃走，对刘玄道：“陛下，长安虽破，但城中官兵还在，皇上怎么能独自逃命呢？”
刘玄惭愧难当，只得同意跟随严本去。
刘恭道：“现在长安破败，无人来为皇上护驾，难道还不允许皇上独自逃命吗？”
严本把剑一横道：“我便是来为皇上护驾的。”说完令人强行架住刘玄。
刘玄无奈，转头对刘祉道：“巨伯，我已请中郎将赵憙带我妻儿去找子琴。如果他们能侥幸活命，你见到文叔时，请他善待他们。文叔定能成大业……伯升之死，实非我刘玄……”说到这里，声音哽咽，泣泪而下。
刘祉心中难过，但见严本的兵马围在四周，也没有办法，对刘玄道：“陛下，文叔为人宽厚，他定能知你之心，绝不会为难他们……”刘祉想着刘玄对自己的恩德，现在却无力保护他，也难过得说不下去。两人泪眼相向，泣泪而别。
刘恭怕严本伤害刘玄，不肯离去，便随刘玄跟着严本同去。严本将刘玄带到高陵，掩藏起来，静观时势。
更始朝廷的文武百官见赤眉军已连破长安宫门，又不见刘玄，便全都投降了赤眉。只有丞相曹竟拒绝投降，被赤眉军杀害。
刘秀听说赤眉攻破长安，刘玄在外逃难，下诏道：
“更始破败，弃城逃走，妻子裸袒，流冗道路。朕甚愍之。今封更始为淮阳王。吏人敢有贼害者，罪同大逆。”（引自《后汉书》）