随着莱姆市市长的阴谋曝光，PCL的罪恶实验被市长之子大义灭亲揭露，莱姆市的危机也终于宣告解除了，虽然真正的黑手，富士丽娜并没有被逮捕归案，但由于此事闹得很大，再加上莱姆市神探古德曼父子俩的神助攻，为此案增添了更多证明此次恐怖袭击事件还与另一个神秘组织有关的证据。
往生会，以及必然与往生会有关的富士丽娜，终于映入世界宝可梦联盟高层眼帘，进而也走进了国际刑警组织的视野。
此事是大势所趋，已经无法避免，不可阻挡，就算世界宝可梦联盟和国际刑警组织之中也有往生会安插进的内鬼，他们也毫无办法。
好不容易让世人淡忘自己的往生会，现在正在被逼慢慢浮出了水面。
夏伯和超哥，这两个本来暗暗相约好再也不打扰彼此生活的“兄弟俩”，现在一个为了友人的孙女，一个为了这世上唯一的同族，他们都决心将往生会和富士丽娜追查到底。
本来黎明是不打算让夏伯这个老人掺和进往生会的事，却不想到因为丽娜，他不得不为此深陷其中，也算是为了还富士老人的人情，以及对得起自己还有一颗善良的心，黎明又一次故意引导他们去神州做调查。
如此一来，夏伯和超哥必然会去调查长安市归墟遗迹的往生之塔，黎明也进而能找机会给两人打上关主烙印。
至于给他们俩个做灵能标记，黎明是万万不敢的，就超哥这惊天动地的精神念力，他根本做不了手脚。
此外，由于莱姆市的破坏很严重，所以原本在莱姆市举办的活动也被迫取消了，黎明本来代表参加的皮卡丘培育展示大赛也自然位列活动取消的名单中。
因此，黎明和菊总也都可以回到各自的日常当中。
黎明的航班比菊总的要晚上一些，所以黎明现在机场送别了菊总，临走前，黎明受宠若惊的得到了菊总一个略带羞涩的拥抱。
为了回应菊总的谢意和勇气，黎明也在僵硬了两秒之后，人生第一次那样主动，在菊总松手之际，他反手将对方拉进了自己怀里，回以了更加热烈的拥抱，仿佛恨不得将自己与对方融为一体，贪婪的吸入着菊总头发和肌肤的芳香……
送菊总检票之后，黎明也有些木讷的拖着行李离去。
路过的人，每当看到那拖着行李向另一个登机口去的英俊青年，无不摇头。
“可惜了，挺帅的一个人，怎么笑成个傻子。”
卟咕！
黎明的手机响起了水信收信的提示音，打开一看，黎明合不拢嘴的笑脸顿时垮了下来，老脸浮现微微的尴尬。
菊总：你刚才抱得太用力了，下次再轻点。
菊总：
有吗？真的很用力吗？
黎某人表示自己拥抱经验丰富，他平时抱住拉达就是差不多这个力道的，小家伙还觉得不够力呢。
……
回到关都真新镇以后，黎明受到了早就在研究所门口等候的众人的欢迎。
“欢迎回来！”大木博士、青绿、小蓝等人都向黎明和随行的拉达它们发射了礼花彩带，异口同声的热烈高呼，一副非常隆重的样子。
“额，什么情况？”黎明被气氛感染，莫名高兴，但也觉得莫名其妙。
拯救一个莱姆市，应该不至于让大家都兴师动众吧，在场的各位，哪一个不是有过拯救一个地区，甚至一个世界经历的人？
“首先，恭喜你平安归来。”从卡洛斯地区归来的小蓝走到黎明面前，笑着解释道，“其次呢，是你不在的期间呢，你和小绿共同撰写的‘部分mega化’研究论文报告，被世界宝可梦联盟旗下的培育家部门的权威杂志社收录，并决定刊登了。因为研究内容价值非常高，你也因此即将被联盟破格授予了中级培育家的职称，很快相关证书和勋章都会发下来。”
“……就这事吗？”黎明微微一怔。
“难道不值得高兴吗？”众人疑惑。
黎明眨了眨眼睛，而后突然笑出了声，真心的笑道：“没有，很值得，谢谢大家。”
……
“阿明，反正你回神州之后，也是继续学习培育学，不如你在大学的这学期就暂时先留在研究所吧，小绿也愿意再继续教你。”当晚晚饭过后，大木博士单独找了黎明谈话，他真心的对黎明说道。
大木博士从和黎明相处的这些日子里，他看得出来，黎明是个不可多得的人才，而且自从黎明来了之后，不知道为何，无形之中，他将所有人都聚集了过来，让研究所热闹了很多。
大木博士挺喜欢现在研究所里的气氛，也有些不舍得黎明就这样离开。
黎明见大木博士如此真心诚意，他思考了一会儿，接着倏然笑道：“我当然是愿意的，不过……”
“你不用担心莫莉院长那边，我事先询问过莫莉的意见，她说她自然是很支持，但愿不愿意留，还是看你的态度。”大木博士笑了，说，“不过现在既然你愿意，那一切自然是再好不过了。”
黎明挠挠脸，轻笑着点点头。
神州深州市……
今天早上，贾天云老师心情格外高兴，逢人便问好，遇见和善的宝可梦便笑盈盈的撸个两把。
但到了下午，当贾天云老师从培育学院的辅导员办公室里出来，他就像是突然丧偶般失魂落魄起来，愣愣呼呼的回到了自己的宿舍。
许久回神，贾天云猛地跑到了阳台上，对空旷的后山狂喊：“TMD，他不回来了！”
黎明不回来，他从幽州交换到深州大学这里干嘛啊！？
你以为他来这的目标是谁啊！？
他来这就是为了吃屁吗？
贾天云黑着脸回到屋里，然后向组织里汇报了此事。
对于黎明突然赖在关都地区不走了的事情，负责调查黎明的主使者——水修罗，她也感到始料未及，十分头疼。
这操作就很突然，根本想不到。
但贾天云也不可能现在撤回幽州，因为深州这里也越来越需要人手了，往生会的人不知为何最近在深州频繁出没，负责深州事项的组织成员渐渐有点顶不住，像贾天云这样的高层人员以及高级战力，待在深州的话也能应对可能存在的突发事件。
而且最重要的是……
自从阿美利加地区莱姆市的恐怖袭击事件之后，联盟和国际刑警两大国际组织也都注意到了往生会，而目前有关往生会的消息，明面上知晓最多的人就是在深州地区神华研究所的所长，宝可梦历史学博士，钱多多博士。
据神华研究所的卧底情报，钱博士已经快要将归墟遗迹收集到的所有历史文献都破译出来了，其中便有大量的往生会秘闻，想必钱博士已经收集了众多对往生会不利的信息，往生会的人可能会抢夺资料，或者直接点就杀人灭口。
对此，五行地狱也很好奇钱博士究竟从资料中发现了什么，所以资料方面，他们也想要，但另一方面也不想让往生会得逞，所以在文献翻译完毕之前，钱博士必须保护好，深州这块地盘也必须守住了，不管有没有黎明在。
于是，水修罗回信给手下贾天云，让他继续留守深州，等待指令，随时帮助分部的行动。
……
小蓝之所以回到真新镇，其实一方面是羁绊进化的研究已经取得了重大突破，在研究方面已经不再需要小蓝亲面把关了，另一方面则是她的道馆训练家考核很快就要展开，算是提前回来做个准备。
尽管以小蓝的实力，想拿下一个馆主的资格不过是件轻轻松松的事，但流程方面还是要走一走的。
道馆地址，小蓝也已经想好了，就设在故乡的七之岛上。
至于道馆的属性，她则选择了妖精系，八个道馆里她准备接的是夏伯的班。
夏伯年纪大了，一生都在打来打去，他本人也有了退休，然后安享晚年的意思。
在黎明回到关都之后的几天里，小蓝也住在研究所里，每天会陪黎明的宝可梦实战训练。
令小蓝为之震惊的是，只是一段时间不见，拉达它们的实力进步相当之大，大到有些不可思议，就连大木博士和青绿都好奇的过来围观。
他们向黎明一问，他们才知道拉达它们是感染了变异的宝可梦病毒才会在短时间内有了这么大的能力提升，而变异病毒来自于莱姆市的R血清气体。
“虽然是因祸得福了，但一想到居然还有那种含有破坏因子的宝可梦病毒在，万一莱姆市恐怖袭击事件没有处理好，恐怕就将是一场全球性的灾难。”青绿摇摇头，似乎是想象到了全球宝可梦感染变异病毒的画面，全身肌肤都麻了一下。
“我倒是想研究看看R血清究竟是种什么样的病毒呢，没准能找到解决破坏因子表达物质对宝可梦的狂暴效果的方法。”大木博士捏着下巴，说道。
青绿在旁赞同的点点头。
“你们想要研究吗？我这倒是有个样本。”黎明见大木爷孙俩对R血清这么感兴趣，不禁问道。
说着，黎明就叫诅咒娃娃过来，然后拉开诅咒娃娃嘴巴的拉链，在对方的内部空间里一阵摸，然后摸出了一支灌满了紫色魔幻气体的试剂。
众人和宝可梦见此都顿时面露惊悚，不约而同的后退一步。
谁都没想到，有人居然会将一个核弹随身带回来。
黎明眨眨眼睛，一脸无辜的模样。
之后是青绿小心翼翼的接过了R血清试剂，宝可梦开路，清除路障，直到将试剂送入完全密封的玻璃舱内，众人才放松下来。
“看来又有事情干啦。”大木博士舒展了一下臂膀，全身骨骼发出咔哒咔哒的响声，那不是年迈的悲鸣，而是一个老研究员的兴奋之情。