与张岗镇阻击战和桥野镇阻击战一同打响的便是江都之战，27日，日军主力部队抵达江都城外。
方咸五在江都城中布置了江北陆军第一师，江北陆军第五师，江北陆军第八师，江北陆军第九师，江北陆军第十师，十个补充团和十个守备团以及六个炮兵团，总兵力高达十二万人。江都县城几乎是东方的威尼斯，城内城外河道众多，很多河道甚至没有名字，其河道水深且宽，由于古代江都是京杭大运河汇聚之地，此处的河道修建得有助于船舶的来往。然而恰恰因为河道众多，导致了江都县难以发展壮大，更无法满足现代流通需要。
方咸五选择江都作为防御，即给日本人制造了麻烦，又给自己人制造了麻烦，但总体说来日本人的麻烦更大。为了给日本人制造麻烦，方咸五甚至拆掉了城外各民居的门板和，砍掉了大树，让日本人不得不躺过河。而江北军绝不会效仿宋襄公讲什么仁义不得半渡击之，他们绝对会将日本人射死在水中。
日军方面，上原勇作逼走了长冈外史之后，亲自执掌第十六师团其余部队作为中军，下辖第三十旅团、骑兵第二十联队、野炮兵第二十二联队（部分）、工兵第十六联队、辎重兵第十六联队，但因为长期作战且将伤兵留在后方，导致现在总兵力仅有不到一万人。
上原勇作并不知道他对面的军队已经是集结了几乎江北军全部兵力，更加不知道江北人为了对付日军，将后方的一切物资几乎抽空。江北都府扬州城中，如今甚至江北政府的所有公务员和学生全都上了城墙，王永安从难民中招揽了今晚轻壮登上扬州城墙，只为了防备日本人突然袭击扬州。不过其实这歌担心是多余的，日本人没有任何兵力袭击扬州，且在如今江北军胜券在握的情况下，江北人也绝无可能放弃抵抗。
日军如今面临最大的问题便是江都县的纵横交织的水道，导致日军的炮兵联队始终无法展开，后世二战时期的日军也因为江都的习性而没有集结重兵在此，就是因为这里无法施展兵力。
江北军的步步后撤，实际上是将日军逐渐陷入江都县的陷阱之中，让日军困在河道纵横的江都县城内外。当日军抵达江都县城的时候，江都之战的决战才正式打响。
日军野炮第二十二联队对江都县进行了一番轰炸止呕，第三十旅团便开始了进攻，然而此事方咸五正式开始了对日军的杀伤战术，他们利用防御工事对此对日军进行猛烈还击，马克沁机枪群将日军的波次冲锋打得落花流水。
第三十旅团的藤田大队直接被马克沁机枪群打得只剩下半个大队，桑吉大队抵达江都城下，却遭到了手榴弹的猛烈攻击，只能仓皇退去。
上原勇作加大了攻击的强度，战斗越来越激烈，忽然从江都城的东侧钻出来一直日军，突破了江北的防御阵地，正在日军高兴之际，却发现他们的第二道防御阵地强度比第一道反骨还要强大。江北军组织了一波猛烈的反击，直接将这股突然出现的日军消灭。
上原勇作并不着急一战而下江都城，他现在估测中国守军应该有两个师的中国军队，因此他在等待左翼长冈外史的第十六旅团和右翼青木嘉禾的第十七师团对江都城的合围。
27日晚间，江北军组织了一波对日军的夜袭，江北兵王孟庆福亲自率领一只300人的敢死队突入日军营地，尽管日军精心准备了防御，但孟庆福挑选了日军最薄弱的辎重第十六联队。300江北勇士只用大刀和匕首，疯狂地对日军辎重部队砍杀，将不少日本辎重兵直接砍死在睡梦中。中日士兵在辎重营营地中很开了激烈的肉搏，很快日军工兵第十六联队的援军支援过来，孟庆福下令一边扔手榴弹，一边制作拌雷。作为的拌雷便是将手榴弹的拉线拴在路上，日军士兵奔跑的时候踢到拉线，引爆手榴弹。
这个拌雷的杀伤力并不强大，然而对日军的威慑作用很大，作为工兵联队的士兵，在接二连三遇到拌雷之后，丧失了追击的勇气，返回营中。方咸五将夜袭对日军的有生力量杀伤很大，于是派遣孟庆福多次组织对日军的夜袭。
28日天明之后，日军才发现昨天一夜之间，各个营部多次遭到夜袭，攻守双方掉了一个身份，日军一天晚上阵亡近300人。上原勇作大怒，下令强攻江都城，让大炮不惜一切代价猛炸江都城。
恰逢一个村庄的几十个百姓不肯离开战场，被日军抓获，日本人为了泄愤将这几十个百姓全都杀了。随后日本人可能是杀红了眼，冲入一间寺庙之中，又将寺庙里的和尚全都杀光。
日本人的炮火虽然激烈，但是方咸五还是从他们的炮火声中听到了他们的炮击强度正在下降，日本人的后勤出现了问题，尤其是来到了江都之后，纵横交织的河道让日军的物资弹药补给运输产生很大的问题。
方咸五果断下令，发电给留在日军后方的陈健和刘辉，江北陆军第三师与第四师立即进攻南通县城。南通县城仅有两千日军，且大部分人属于伤兵，还没有重武器防御。中国军队突然之间聚零为整，陡然之间出现了两万余人对南通县城发起的猛攻，让日本守军一下子懵住了。
经过一日的猛攻之后，陈健与刘辉的军队突入南通城中，并很快与日军展开了巷战。由于双方缺少弹药，很多战斗都不得不以肉搏战开始，肉搏战结束，江北军队凭借着人数的优势和后方百姓的支援，经过了28、29和30日的激战，全部清剿了南通日本守军，彻底将日本讨伐军切断在前方。而经过了五天的战斗，日本讨伐军的三线部队毫无进展，且伤亡逐渐增大，上原勇作已经渐渐察觉到了，或许这是一个圈套，江都城不是板上之肉，而是带着毒药的诱饵。