大雄三人执行完任务回到了木叶村，回到村子以后天藏的耳边总是响起卡卡西的话：“如果任务是杀死自己的同伴，那么这个任务就是错误的。”
天藏放弃了夺取卡卡西血轮眼的任务，天藏回到了“根”，向团藏汇报了自己的想法，团藏非常生气，团藏第一次遇到自己养的狗要违反自己的命令。
团藏将天藏囚禁了起来，囚禁的期间天藏受到了团藏的严刑拷打，在团藏看来，不听话的狗没有必要就在这个世上。
因为天藏没有执行好团藏交给的任务，最重要的是因为天藏不想再对卡卡西动手，为此天藏受罚，卡卡西感到非常自责。
卡卡西急忙跑到大雄的家，卡卡西见到大雄以后问道：“大雄，如果“根”的成员违反了团藏的命令会怎么样。”
大雄说道：“那就要分情况了，如果是木叶大家族的子弟，团藏也不会怎么样，就是在“根”中将其开除，如果是团藏养的孤儿，一定会被团藏除掉。”
卡卡西听到以后头上渗出了冷汗，天藏大难临头了，卡卡西慌忙的说道：“大雄，天藏要死了，怎么救他。”
大雄听懵了，问道：“怎么了？”
卡卡西将上次在大蛇丸基地天藏暗杀自己的事情说了出来，最后天藏被卡卡西感化，放弃了刺杀卡卡西的任务，所以天藏回到木叶以后一定凶多吉少。
大雄想了一会说道：“三代火影恢复了“根”，我现在不能用暗部的命令将天藏调出来，“根”是一个独立的组织，不会听从暗部的命令的。事到如今只有一个办法了。”
卡卡西听到大雄有办法，用希冀的眼神看着大雄，大雄看了看卡卡西，叹了口气说道：“事到如今，只有求三代火影大人了。”
卡卡西的眼神黯淡了下去，说道：“三代火影会因为我们的请求和团藏作对吗？”
大雄挠了挠头说道：“事在人为吧，这就出发，事不宜迟。”
大雄和卡卡西来到了火影办公室，进门之后卡卡西直接跪了下来，弄得大雄好尴尬，大雄本来想先说事情，结果卡卡西性子这么急，直接跪了下来，大雄只好也跪了下来。
卡卡西开口说道：“火影大人，请您救天藏的性命。”
三代火影开口说道：“怎么回事，卡卡西。”
于是卡卡西将天藏的事情一五一十的说了出来，三代火影听完之后沉默了，和卡卡西想的一样，团藏要怎么处理天藏是“根”的家事，就算是火影也无权处理，不过天藏是木遁唯一的持有者了，就这样被团藏杀掉对木叶是一个极大的损失。
三代火影权衡再三，最后决定出面救下天藏，顺便杀一杀团藏的锐气。
三代火影说道：“真田秀雄。”
“在。”
“命令你调集木叶所有的暗部，我们一同去“根”要人。”
“遵命。”
说完大雄便退了出去，大雄去到了暗部，并在空中放出飞鹰来传递信息，大雄心想，区区要一个人何需要如此大动干戈，看来此次并没有要一个人那么简单，是想给团藏一个警告。
大雄将暗部集结完毕以后，回到了火影办公室，对着三代火影说道：“火影大人，暗部集结完毕。”
三代火影站了起来，说道：“出发。”
“是”
大雄说完退了出去，对着走廊里的暗部集体说道：“火影有令，包围“根”。”
所有暗部集体下跪，说道：“遵命。”
说完暗部的成员全部原地消失了，出发前往“根”的总部了。
大雄和卡卡西一马当先，朝着“根”杀了过去，大雄等人遭到了“根”成员的拦截，但是奈何暗部人数众多，直接将“根”的成员制服了。
大量的暗部涌入到“根”的总部，团藏站在“根”的大厅之中，周围全部都是戴着面具的暗部，团藏被团团围住了。
这时候三代火影背着手慢慢的从人群中走了出来，团藏看到了三代火影，冷冷地问道：“日斩，这是怎么回事。”
三代火影冷声说道：“志村，当年那个事你瞒了我这么久，到现在还问我是怎么回事，我倒是要问问你，你有没有把我当做火影。”
团藏一时语塞，没有明白三代指的那件事是什么，便问道：“日斩，你说的到底是什么？”
三代火影冷哼了一声说道：“被我下令禁止的木遁研究，而你团藏竟然瞒着我继续研究，而且还有一名试验品存活了下来，你还想瞒我多久。”
团藏这下知道了，日斩是为了天藏而来的，自己被日斩摆了一道，天藏的事情日斩其实一直都知道，只不过大家没有将这层窗户纸捅破，现在将这件事翻出来无非就是想从自己的手中带走天藏。
团藏知道，今天这个哑巴亏自己是必须吃了，团藏对着自己的手下说道：“将甲带过来。”
不一会儿，天藏就被“根”的人带了出来，索性天藏还没有收受到太多的折磨，三代火影看了看天藏说道：“你叫什么名字？”
天藏跪到了地上说道：“火影大人，在下天藏。”
“好，以后你归暗部管理了。”
三代火影说完便转身离开了，三代火影走了几步，停了下来说道：“对了，团藏，以后再做这种事情一定要让我知道。”
三代火影说道便头也不回的走出了“根”。
大雄和卡卡西带着天藏回到了暗部，在暗部的更衣室里，天藏被大雄领了出来站在了大家的面前，大雄对着大家说道：“下面有请我们暗部的新成员为大家做自我介绍，大家鼓掌欢迎。”
暗部的所有人一起为新来的天藏鼓掌。
天藏现在大家面前腼腆的说道：“大家好，我叫天藏，很感激今天各位的帮助，同时非常荣幸能和大家一起在暗部为木叶效力。谢谢大家。”
下面再次传来大家的掌声，就这样，天藏正式加入到了暗部。