两天的时间很快就到了，这两天水门安排卡卡西这个天才对“根”的行动进行安排和布置。大雄这个假冒的天才对布置行动并不善于，也乐得清闲甩手给卡卡西。
经过卡卡西的计划，这次行动主要分为两个部分，第一部分由水门带领火影卫队班对团藏的“根”进行偷袭。第二部分由暗部进入“根”进行抓捕，因为暗部都带着面具，为了区分敌我，这次行动，暗部一律以真面目视人。
然后由水门的通灵兽，侦查蛙对现场进行跟踪，防止有“根”的成员偷跑。
当天晚上，木叶的夜幕降临了，木叶村变得灯火通明，大家有的回到了家里，和家人一起吃着美味的晚餐，有的和朋友出去参加了聚会，喝着小酒唱着歌。
趁着夜色水门带着人开始了突袭“根”的行动。一行人潜入了地下，来到了“根”的门前，大雄带上了水门老师，利用之前自己留在根的飞雷神术式，潜入了进去。
大雄和水门潜入以后，水门在地上留下了一个飞雷神术式，然后两个人一起用飞雷神之术回去了，这回水门再次用飞雷神转移进来，将卡卡西带了进来，大雄将不知火玄间带了进来，如此再次反复一次，将火影护卫队全部带了进来。
第一部分人员到齐以后，便开始了行动。大雄对这里地形熟悉，率先带队冲了出去。一路上看到了四名“根”的暗部，大雄等人占了偷袭的优势，没等人反应过来，水门带队将敌人打晕了。
其中一个人在晕倒前将一枚绑有起爆符的手里剑扔了出去，起爆符立即被引爆了，爆炸的响声惊动了所有人。
听到了有爆炸的声音，“根”的人员开始组织，进行反击。
大雄等人准备好了战斗的决心，然而这场战斗并没有像大雄想的那样有多么惨烈，相反“根”的人看到了敌人的首领是火影以后，纷纷放下了手中的武器投降了。
看到这里大雄有一些猝不及防，本来想好好打一架的，结果没开打对方就投降了。
“根”投降的人全部被后赶来的暗部带走了，但是从始至终没有发现团藏，这时候通灵蛙赶了过来，对着水门说道：“火影大人，在这下面还有一个密室，里面有着查克拉的波动，团藏应该在那里。”
水门听到以后，带着自己的火影护卫班赶了过去。
“螺旋丸！”
水门用螺旋丸打开了密室的通道，这时候的密室里有五个人，不过这几个人当中没有团藏。
这就个人神情冷漠，没有丝毫的感情，五个人见有人冲了进来，立即拿出了武器准备战斗。
水门看到这几个人以后大声说道：“我是第四代火影，放下你们的武器，投降吧。”
这五个人仿佛没有听到一般，就在这时，其中一个人动了起来，朝着水门冲了过去，水门拿出特有的手里剑，随手向旁边扔去，利用飞雷神躲开到了这个人的背后，然后立即将这个人从后面制服。
其他四个人见此情况也动了起来，大雄见状立即开启电光石火，冲了上去，卡卡西也冲了过来。
其中一名敌人双手结印，“风遁?真空弹！”
敌人的嘴里突出来四枚真空弹，大雄见状立即结印，“水遁?豪水腕！”
大雄凝结出巨大的手掌挡在了大家的前面，真空弹击中巨大的手掌，将水遁的手掌打烂了。
大雄收回了忍术，心里庆幸手掌是水做的，否则自己的手一定废了，在场所有人都惊讶对方的忍术威力，看起来平平的真空弹，威力竟然如此巨大。
水门朝着敌人扔出手里剑，刚用完忍术的敌人还没有回过神来，水门的手里剑已经到了眼前，敌人用手接住了手里剑，就在这时，水门利用飞雷神之术传送了过来，反身将敌人的手别在了背后。
敌人还想挣扎，水门右手形成手刀，将敌人打昏。
其他三名敌人见状立即使用了忍术，“忍法?超兽伪画”“火遁?豪火球之术”“风遁?烈风掌”
三个忍术朝着水门攻击过去，敌人并没有在意水门手里队友的死活，水门利用飞雷神回到了我们的队伍里，躲开了敌人的攻击。
大雄站了出来，双手结印，“岚遁?小白长虫！”
大雄凝结出一条巨大的小白长虫，然后大雄遥控着小白长虫对着敌人发起了攻击，小白长虫速度很快，敌人靠着左右闪避根本无法躲开小白长虫的进攻。
很快三名敌人被小白长虫撂倒了。
旁边的水门和卡卡西都惊讶于大雄的这个忍术，岚遁是他们没有见过的，卡卡西惊讶的问道：“大雄，你这个是什么忍术。”
大雄呵呵一笑，说道：“我的血继限界，岚遁。”
众人都倒吸了一口凉气，没想到大雄这么厉害，血继限界也能开发出来。水门和卡卡西都知道，大雄是没有血继限界的，在没有血继限界的情况下能研究出岚遁是很难的一件事情。
卡卡西用怪异的眼神看着大雄说：“大雄，你太强了，老实说，你是不是在哪里偷偷获得了秘籍。”
水门也站出来说：“大雄，我很看好你，你将是金色闪光名号的继承人。”
火影卫队的成员也都看向大雄这边，眼神里充满了羡慕，这可能就是火影在给自己定下一个火影接班人的人选啊，在场的人都非常羡慕。
紧接着暗部的人赶到了，将地上的五个人全部绑了起来，到此这次的突袭“根”的任务算是圆满完成。
大雄跟着暗部，将“根”的人全部押了出去，往出走，大雄才感觉到根的通道真的是特别的长，“根”的总部就是按照树根的样式建造的，里面连接各个地方的通道像树根一样扭曲交错。
从通道里走了出来，大雄回头看了看自己曾经任职的地方，“根”的总部外表和火影大楼很像，可能是因为团藏太像成为火影的缘故吧，只不过这个大楼上原本写着“火”字的大牌匾换成了写着“暗”字的牌匾。
这场木叶的政治势力斗争下，团藏和他的“根”失败了，直到四代火影死去，团藏才会卷土重来。