崇祯在吴三桂离开京城后，便开始着手整理朝纲。
这一次的京城危机让他见识到朝堂上那些朝廷命官的嘴脸，那时候的他是多么的无助。
无数次，他的心都接近崩溃，一种挫败感油然而生。
但他不想放弃，不想让大明的江山就这样毁在他手里。
然而，现在把持朝政的大多都不是他提拔的人，根本不可能向着他，因此，他颁发了几道旨意，都被一众朝臣驳回。
崇祯又一次被挫败了，坐在龙椅上，板着脸，一言不发。
下朝后，王承恩抱着一大叠奏折走了过来，轻轻放下，对崇祯说道:“皇上，这是今天的奏折”。
崇祯把奏折扫在地上，愤怒的说道:“朕日夜废寝忘食的批改奏折，又有什么用？”。
崇祯站了起来，指着地上的奏折，愤怒说道:“别以为朕不知道，这些奏折都是他们挑好的，他们想朕知道的便呈上来，不想朕知道的都给朕扣下来”。
王承恩听了，马上小声对崇祯说道:“皇上，小心隔墙有耳”。
崇祯被他提醒，马上想到了什么，对王承恩说道:“王公公，朕拜托你件事”。
王承恩一听，慌了，跪在地上，磕了两个响头，说道:“皇上，你太节煞小人，有话请说”。
崇祯蹲下来，眼神露出杀意，小声的对王承恩说道:“王公公，帮我把那些人暗中处理掉”。
王承恩眼睛湿了，又磕了个头，说道:“奴婢遵命”。
崇祯深深的看了王承恩一眼，拍了拍他的肩膀，站了起来。
王承恩感动的站了起来，退出去。
当他转过身的那一刻，他唯唯诺诺的样子变了，他直起腰，眼中凶光毕露。
他回到了自己的住处，悉心挑选了几十个身手好的小太监。
这些小太监全是王承恩精心培养的杀手，他们得到王承恩的命令后，换上夜行衣，偷偷来到崇祯的寝宫，找到目标，静静等待刺杀时机。
崇祯估算着王承恩应该准备好了，便装病，喝退大部分侍卫。
那些小太监等到崇祯入睡，便开始行动。
一夜间，崇祯寑宫的一些侍女和侍卫以及太监莫名的消失了。
第二天，崇祯在朝堂大发雷霆，大骂御林军与锦衣卫办事不力，将一众御林军和锦衣卫高官革职查办，并让王承恩的人代替他们的位置。
朝臣当然不同意，强烈反对，但这次崇侦的理由充分，吵了半天，他们不得不妥协。
这让崇祯高兴了好几天，他命王承恩查出其中的奸细，再次暗杀掉。
王承恩默默的看着崇祯的背影，他发现崇祯在京师之危解除后，完全变了个人，不再固执，也不再死板。
对此，他是高兴的，他觉得大明也许还有救。
在掌握了锦衣卫和御林军后，崇祯说话硬气了不少，在朝堂上也不再盲目听从朝臣的意见，适当的反对。
这让朝臣再次感到危机，再次密谋派人渗入或者收买御林军和锦衣卫，但都被王承恩发现，偷偷暗杀掉。
崇祯趁此机会，顺藤摸瓜杀了几个大臣，并按王承恩给他的名单，把名单上面的人陆陆续续提拔上来。
随后，他开始不再重用东林党成员，致使东林党不再一支独大，出现了多个流派，朝堂也开始出现势力平衡的局面。