最初，三代目使用“忍术?瓦片手里剑”攻击大蛇丸，但轻易被大蛇丸躲过，对方立即反击、以“潜影蛇手”袭击他;不过这只是他的“土替身”。
三代目之后以“土遁?土流大河”、“土遁?土龙弹”及“火遁?火龙弹”袭击大蛇丸，但大蛇丸不是泛泛之辈，虽然不敢再轻视三代目，但亦扬言自己不过这么简单被解决。大蛇丸要求三代目认真决战来个了断，三代目亦“应邀”脱去火影制服，显露其忍者战装。
不过，就在三代目使用“手里剑影分术”之时，大蛇丸终于使用秽土转生，把千手柱间及千手扉间召唤出来;更一度欲把四代目也召唤出来，但四代目曾使用尸鬼封尽故灵魂已由死神保管无法召唤。
面对自己的两名老师，三代目自知情况艰难，指责大蛇丸竟然还愚弄死去的两名火影，要他们死去后还需战斗。
大蛇丸在两名火影头上插入符咒后，他们会恢复肉体，但已失去任何意志，只是任大蛇丸操控的傀儡而已。
初代及二代目首先奔往攻击三代目，被三代目击开、及再以“火遁?火龙炎弹”攻击他们。面对火的攻势，擅长水遁的二代目在没有水的情况下，仍能施展“水遁?水阵壁”阻挡，再反过来以“水遁?水冲波”做成巨浪准备杀掉三代目
三代目随即利用“土遁?土流壁”筑成巨岩阻挡洪水；但就在从岩石返归城楼之际，先后被初代拳打脚踢及被二代目拉进水里，在挣脱下才逃回土壁上面。
二代目继续向土壁上的三代目攻击，射出水柱击溃土壁，三代目再度落在城楼之上。
此时初代不甘示弱，展现其“血继限界?木遁”，使出“木遁?树海降临”之术，在城楼上长出树木牢牢抓住三代目。
三代目无法解开树枝的缠绕，于是以“通灵”召唤出战友“猿猴王”猿魔，并令其化为“金钢如意棒”斩断缠绕着的树枝。
得到通灵兽“猿猴王”猿魔的协助，三代目使用其化成的“金钢如意棒”作为武器，跟大蛇丸从口中拿出的“草薙之剑?空之太刀”对战，双方打得一度不分胜负。
但随即初代及二代目纷纷来犯，他没法同时对战三人，只好在初代及二代肢体上留下引爆符，直接被大蛇丸踢飞。
大蛇丸一度走近被打到城楼面上的三代目，称对其表示失望，三代目亦一度因为想起童年的大蛇丸而流泪起来。
但不久三代目立即重拾战意，以敏捷的身手攻击大蛇丸，猿魔亦从如意棒中把手伸出、企图勒死大蛇丸。
大蛇丸及时化为泥泞以逃出猿魔的攻击，并向三代目展示自己脸皮底下的第二真面目--就是利用“不死转生”、而成功侵占肉体的年轻女忍者面孔。
大蛇丸表示这只是他第二次转生的容器，而下一个目标就是拥有写轮眼的宇智波佐助。
三代目后引爆初代及二代目身上的引爆符，以顺利阻止两者的攻击，然而他们“秽土转生”的肉体可立即修补过来。修复身躯后的两名火影，即对爱徒继续攻击。
初代使用木遁术欲再抓击三代目，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。
初代亦使用“黑夜行”(动画为二代所使)，使三代目处于黑暗环境当中，并受其攻击。三代目无可奈何下，决定分出两个影分身，再由两个分身份别对初代及二代目施行禁术尸鬼封尽。
初代及二代目被封印时，对伤害三代目之事表示后悔；而在他们消失后，三代目却惊觉原来是两名音忍─萨克?镫及琴?锤被当作工具、以施行“秽土转生”这种禁术。
这对一向重视生命的三代目来说，实在不可原谅，所以决定杀了这个叛徒。
他召唤金刚如意棒，把大蛇丸手中的草薙剑打飞，接近大蛇丸的情况下再次使用尸鬼封尽；而大蛇丸使出“潜影蛇手”欲缠着三代目，但却缠着了其通灵兽猿魔。
他对大蛇丸称此术不单施术者灵魂会被死神吞噬而死亡，被施术者也要永远活在死神体内受尽折磨。大蛇丸看见死神有点儿害怕，召唤被击飞的草薙剑从后偷袭三代目。
猿魔见状本想握住飞向三代目的剑，但因身体被蛇缠着，当它拿到时已有一半刺穿三代目的身躯。
双方一度僵持不下，大蛇丸不断用剑贯穿三代目的身躯，而三代目亦不断尝试不大蛇丸的灵魂从身躯扯出来。
最后因为三代目自知力量不够，已无力把大蛇丸的灵魂抽出，故决定利用死神把大蛇丸双手废掉，使其永远不能结印以使用忍术。他深信“火之意志”一定会继承下去，所以倒下时仍带着微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接着便一睡不起。
他的通灵兽猿魔因为失去召唤者亦瞬间消失了，大蛇丸也因失去战斗力、在音忍四人众保护下撤退。
当一众木叶忍者赶到时，他被发现躺在城楼上，带着安详的模样离世。后来他的葬礼由水户门炎及转寝小春所主持，而全村均进入一片哀悼中，下忍们亦纷纷回想起曾跟三代目一起的有趣经历，但想来更觉悲伤，惟有在他陵前献上一朵鲜花，以代表对死者最后的祝福。
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，向佐助讲述了他所知道的有关宇智波鼬、宇智波一族和木叶村的一切，在讲述完一切之后，佐助决定守护木叶，于是日斩与其他三位火影一同赶赴前线战斗。
到达战场后，四位火影使用四赤阳阵暂时压制了十尾，开始与十尾人柱力——十几年前的神秘“面具男”宇智波带土战斗。
后来被成为十尾人柱力的宇智波带土用黑球击碎，恢复后救出险些被十尾吸尽查克拉的鸣人。
十尾人柱力带土强大的实力让所有人绝望，此时三代目在鸣人的回忆中看见自己的葬礼以及自己次子阿斯玛的葬礼，感到很内疚。
之后众人恢复斗志，三代目与大蛇丸以及鹰小队的其他成员同神秘漩涡人“阿飞”交战，时隔多年后师徒再度联手抗敌。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。