猿飞阿斯玛在对决晓不死二人组飞段、角都时牺牲，第十班决定为老师复仇。
卡卡西主动请缨，暂作为第十班的队长，去寻找飞段、角都。
甫一对战，卡卡西便用写轮眼看出了角都的土属性结印并以雷切破了其土遁硬化术并刺穿其心脏。
谁知对方拥有多个从其他忍者抢来的心脏（连同本体的共五个）所以没有死。
角都能使用心脏所属属性的忍术。
后飞段去攻击卡卡西，角都在后面攻击，企图利用飞段的不死之身将卡卡西消灭，所幸被卡卡西躲开。
后卡卡西发动双手雷切替第十班成员挡去了角都的伪暗。
这时候局面以一敌二，非常不利……连续的消耗使卡卡西喘不过气来；不过，最令卡卡西惊讶的，就是角都居然曾经跟初代火影对战过。
这时角都欲以卡卡西的心脏填补被雷切击破的心脏。
面对角都的风火遁攻击，卡卡西用水阵壁抵挡，但风火克水，趁卡卡西不备，角都用“地怨虞”将他缚住，准备强行用血管挖出卡卡西的心脏。
然而，卡卡西在之前就取得了角都的血液并把它交给鹿丸，飞段被鹿丸所骗误用角都的血液使用咒术，角都心脏被破倒地。
但角都却突然全身的血管伸出，把卡卡西他们绑着，情况不利。
卡卡西欲使出万花筒，这时大和，鸣人等赶到，最后角都被鸣人的风遁螺旋手里剑击倒。
而卡卡西以雷切击败倒在地上、动弹不得的角都，摧毁他最后一个心脏，后把角都的尸体带回木叶村给纲手研究。
追捕宇智波鼬:
为得知晓的情报，追寻佐助的下落，木叶决定锁定鼬，新七班和第八班联手行动。
后众人与“晓”的新成员——一个戴着面具、自称“宇智波斑”的神秘男子对战。
“面具男”凭借出神入化的时空间忍术将木叶众玩弄于股掌之中，众人的攻击均对其无效。
之后绝突然出现，宣告佐助和鼬的战斗已经结束，鼬已死亡。达到目的的“斑”离开，向卡卡西显露写轮眼，并先其一步赶到决战现场，和绝一起带走了佐助。
佩恩入侵:
佩恩六道突然来袭，木叶陷入混乱局面。
正当伊鲁卡老师照顾受伤的木叶忍者时，遇上了佩恩天道，幸好卡卡西及时相救才没事，卡卡西快速躲开佩恩的攻击，并结印召唤土流壁，欲以雷切攻击，却被佩恩神罗天征弹开。
卡卡西又分出雷分身，发出雷犬试探。
可是雷犬也被吸收。后修罗道也出现，联合万象天引，卡卡西的雷分身被破。此时卡卡西已经了解到佩恩的部分能力就是“类似于引力和斥力”的东西。
二对一的情况绝对不利，秋道父子等赶到以超张手攻向佩恩，修罗道被之前破掉的雷分身击中，无法逃脱而被“打扁”。
卡卡西告知丁次父子，佩恩能力的5秒间隔时间和自己的计划。
随后卡卡西佯装从地底突袭佩恩，佩恩被迫又一次使出神罗天征将卡卡西弹开，在天道走近卡卡西欲攻击他之时，秋道父子出动肉弹战车攻击佩恩，实则是要借佩恩的能力将他们弹开。
佩恩以为只是单纯的攻击，却没想到卡卡西在实行地面攻击以前就将铁链布置在了地下。佩恩天道被牢牢地束缚在了中间，卡卡西用雷切致命一击。
可是这时，未被杀死的修罗道却出现在卡卡西的雷切前，这为天道再次使用“神罗天征”争取时间。
天道害怕卡卡西还有其他打算，打算和卡卡西保持一定距离，用钉子射向卡在废墟中无法动弹的卡卡西，但不知却被卡卡西用神威转移。
修罗道向丁次发射了跟踪导弹，此时卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他最后发动了神威将导弹转移到异空间，保护了丁次逃离。
因为卡卡西说：
“这是为了拯救木叶的最好方法——将自己好不容易得来的情报交给能离开的人。”
虚耗过度的卡卡西，想起了琳、带土、四代目火影以及他父亲。
纲手通过通灵兽感知到卡卡西的状况后，愤怒的破坏一根柱子，鸣人回到木叶后，因变成仙人模式可以感觉到大家的查克拉，但没有感觉到卡卡西的查克拉。
后鸣人成功感化佩恩的本体——长门，长门运用外道?轮回天生之术使全木叶村所有阵亡人复活。卡卡西在精神世界中见到父亲后醒来。
五影会谈：
纲手在佩恩一战后仍然昏迷，火之国召开会议推选新的火影，卡卡西被奈良鹿久提名为火影候选人，并受到火之国大名和高层认可，然而在团藏的影响下，大名任命团藏为六代火影。
团藏下达了追捕佐助的命令，鸣人执意反对，卡卡西帮助开导鸣人，并对佐井表示信任。
卡卡西、大和与鸣人三人小队暗地离开木叶，途中遇到雷影一行。鸣人跪地恳求无效，卡卡西也帮忙劝说未果。
“面具男宇智波斑”再次不请自来，被大和用木遁束缚，卡卡西以雷切威胁“斑”说出目的。
“斑”说了一番大道理后以时空转移离开。我爱罗推荐旗木卡卡西，受到众影认可。
木叶与鸣人同期的众人商议由他们解决佐助。
樱作为代表与佐井、小李、牙一行找来，向鸣人表达了让他背负重担的歉意，鸣人不解其意，樱愤而离去。
佐井分身出现，说明真相，向鸣人解释了樱的想法。众人惊讶，卡卡西已猜出大概，樱想自己去解决佐助。
随后，风影我爱罗一行来到，告知了卡卡西五影会议推荐他为火影之事。卡卡西表示他对火影之名没有兴趣，但既然需要他会担起这个责任。[18]
第七班重聚：
找到刚刚杀死团藏的樱，欺骗佐助要背叛木叶加入他的队伍，佐助开出条件是要樱动手杀掉香磷。
就在樱准备用毒苦无刺杀佐助时，佐助早已先下手为强想杀害樱，跟踪许久的卡卡西飞身救下樱，并与佐助对战。
卡卡西明白佐助真的堕落了。
想到了第七班的过去，他决定自己要背负这个重担，于是与佐助展开战斗。
卡卡西指出自己不想杀佐助，并劝导他放弃复仇，但这更加深了佐助的愤怒，使出了须佐能乎完全体攻击卡卡西。
卡卡西躲避不了便使出神威勉强将须佐的箭转移到异空间。佐助的眼睛因为过度使用而突然失去了光明，而樱在身后欲攻击佐助，然而却举棋不定。
佐助毫不留情地攻击了樱，而卡卡西因为使出了神威导致身体反应迟钝，已经赶不上去救樱，幸而鸣人及时赶到使樱免遭其害。