大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿。
他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...
后来，大蛇丸的这一项实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。
捉拿大蛇丸
听完三代火影讲述的来龙去脉后，三代火影命令卡卡西在今后多加留意木遁天藏。
并让卡卡西将大蛇丸带回木叶。
三代火影命令暗部一定要将大蛇丸带回木叶，一旦大蛇丸叛逃敌国木叶造成巨大的损失，卡卡西受命前往寻找大蛇丸。
与此同时团藏表面上与三代目火影“合作”，实则为了帮助大蛇丸逃脱木叶的追杀，于是团藏派出了“甲”前往秘密据点。
卡卡西误闯秘密据点被据点的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命，当卡卡西再度回到据点时，秘密据点的人已经全部被大蛇丸杀死。
自己跟大蛇丸展开了战斗。大蛇丸自知再打下去对自己不利便撤退了，卡卡西对甲和据点唯一幸存的人说：
“我从来没有来到过这里，也没有见到任何人，更没有发现大蛇丸。”便离开了他们。
志村团藏的右眼是写轮眼，由于多次使用已经渐渐失明，而宇智波一族拥有写轮眼的成员又很难下手。
故团藏决定夺取卡卡西的写轮眼，之后团藏假借任务为由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密据点。
甲对卡卡西露出杀意时被卡卡西察觉并败在卡卡西的手下，经过与卡卡西的一番对话之后甲消除了对卡卡西的疑惑。
这时据点内白磷大蛇复活，卡卡西拼命保护甲，最后失去了知觉，但甲并没有夺取卡卡西的写轮眼而是背叛了团藏。
最后，卡卡西会见三代火影，将甲从根调离而分配到了暗部卡卡西所在的一组，甲恢复了原名天藏。
卡卡西的组缺少人手，于是宇智波鼬便加入了卡卡西所在的一组，起初年纪比较小的鼬不被他人留意，反而招来了冷嘲热讽。
但不久之后鼬的能力展现了出来，令所有人惊奇并由衷的佩服，直到宇智波叛乱鼬出走木叶结束。
卡卡西说过鼬加入了这么长时间，自己却对他还是一无所知。
由于迈特凯等人在和卡卡西一同执行任务时，亲眼目睹了卡卡西冷酷的眼神，便连同同期忍者请求三代火影。
解放卡卡西让其成为担当上忍收徒，希望通过收徒改变卡卡西心中的黑暗，三代目火影同意了这个请求。
在成为担当上忍以后，卡卡西立志不允许让不懂得珍惜同伴的人成为忍者，果然他所在的组通过率为0。
卡卡西也在扪心自问，如果当时波风水门发现自己，根本没有团队意识的话会如何。
同时怀疑自己的要求是不是太苛刻了，三代目火影跟卡卡西谈话，再一次消除了卡卡西心中的疑虑。
而曾经教过的学生们并没有恨他反而很感谢他当初的做法，更加坚定了卡卡西的信念，在学生们面前有点儿脸红。
第七班成立
数十年过后，此时的卡卡西已进入中年时期，第三代火影猿飞日斩下令，让卡卡西负责担任新一届毕业学生漩涡鸣人、宇智波佐助与春野樱的指导老师卡卡西为他们三人安排了下忍测试，若不能通过就让他们重返忍者学校学习。
因为历年来均没有人成功通过卡卡西的下忍测试，卡卡西的下忍测试，是要求鸣人他们在中午前，夺去绑在自己腰间的两个铃。
由于只有两个，故此队中最多只有两人能成功通过考试，一人则被淘汰，被淘汰者非但没有饭吃。
更可能被评为不合格而重返学院。
卡卡西亦要他们以抱着杀死他的心，才有机会夺去他手上的铃。
三人当中，鸣人的表现最差，他非但不隐藏起来，还大模大样地向他挑战，结果被卡卡西以体术秘技——“千年杀”击飞。
之后又中了卡卡西设的简单陷阱，两次被吊在树上，被卡卡西批评为：
“只会横冲直撞，破绽百出。”
相反，樱及佐助比较冷静，他们一开始就隐藏起来。
佐助趁卡卡西向吊在树上的鸣人讲解时，掷出手里剑攻击他，但却只打中他的替身。
后来再度遇上卡卡西，其身手及智谋，以及使出火遁?豪火球之术，令卡卡西不得不承认其天赋。
但最后仍被卡卡西以忍术土遁术?御杀斩首术埋在地下。卡卡西批评佐助只喜欢个人主义，不明白队伍合作的重要性。
至于樱，一如以往只担心佐助。
所以，当佐助的偷袭失败后，就去找佐助。
途中却中了卡卡西的幻术，身受重伤的佐助向他求救，她立刻被吓得晕倒。
醒来后，误以为佐助真的有生命危险，故继续找佐助。
但当看见被埋在地上，头部外露的佐助跟他说话时，便以为是死去的佐助在和她说话，二话不说再次晕倒。
结果，三人都不能在中午时份抢到卡卡西的两个铃，鸣人更因欲偷走测试中准备的食物，被卡卡西绑在木柱上。
卡卡西说：
“你们三人跟本没资格当忍者，连返回学院的资格也没有。”
卡卡西也说出测试的真正目的，就是要他们表现“团队合作”的重要性，即使面对自己可能要被淘汰出局（因为只得两个铃），也能放弃个人利益，跟伙伴一起合作。
那些只顾自己表现（如鸣人、佐助）及不重视队友的人（如小樱无视鸣人），是不能做忍者的，之后又向他们展示了旁边石碑上殉职的英雄。
卡卡西“手下留情”，说又再给他们一次机会，但却不准许樱及佐助给鸣人食物。
就在卡卡西离开后，佐助深明卡卡西真正的意思，私下给鸣人食物，樱看见后，也把自己的一份给鸣人吃。
卡卡西突然出现，告诉他们已经过关，因为他们不像以往考生那样，没有自己的想法，亦没有重视伙伴的精神。
卡卡西和鸣人等人接受了C级任务，要护送建筑工人，但途中遇上被波之国无良商人卡多雇佣的叛忍桃地再不斩和白，卡卡西两次与再不斩交手。
第一次，卡卡西中了再不斩的计谋，被水牢之术困缚，幸好鸣人相救。之后卡卡西使用写轮眼，复制再不斩的水遁?水龙弹之术，将其击败，但也因为查克拉消耗过大休养了一段时间。