中和四年（884年）四月，李克用率领沙陀骑兵在陈州城下大破黄巢，追击途中险被朱温所害，失去了追杀黄巢的绝好机会。
然而黄巢在李克用“鸦军”的沉重打击下早已主力尽失，没了还手之力。
李克用郁愤难平的返归太原，白白将便宜让给了那些打仗不行、捡便宜却没够的大唐末代官僚。
五月二十日，感化军（江苏徐州）节度使时溥，派将领李师悦率万余人追击黄巢。
六月十五日，李师悦与降将尚让在瑕丘（古县名，在山东济宁衮州区东北）追上了黄巢，黄巢身边此时只有不到千余人，接触之下顿时大溃，黄巢被迫逃入狼虎谷（今山东省济南市莱芜区西南）。
六月十七日，走投无路的黄巢、黄揆等人均被黄巢外甥林言杀害！
林言拿着他们的首级投奔唐军邀功，却被不知从哪里钻出的沙陀博野军所杀，将他们首级一并献给时溥。
七月二十四日，时溥派使者携带黄巢等人首级，以及他们的姬妾送往成都行宫。
僖宗询问黄巢一众姖妾：“你们都是我大唐勋贵之女，世代承受国恩，为何不抗拒逆贼，反而跟随于他。”
站在前面的一位姬妾答道：“狂贼凶狠忤逆，国家动用百万大军拦阻，尚且丢掉国都、迁往巴蜀，陛下却用不能抗拒逆贼的罪名责备我等几个小女子，将置这些公卿将帅于何地！”
僖宗无言以对，诏令将她们一并斩于街市。
黄巢虽已身死，其麾下大将秦宗权兵势仍盛。他本是大唐蔡州节度使，黄巢死后他在蔡州称帝，沿用“大齐”国号，接连攻下河南二十余州。
与黄巢相比，他生性残忍暴虐，杀起人来全无底线，他的得力干将孙儒更是杀人如麻。
他放纵军队四处出击，侵犯邻近道府，所过之处不留一人！
军队行军，他竟用大车装载着塞满盐巴的尸体跟在后面，当作士卒口粮，残暴的简直令人发指！
在他的祸害之下，河南、山东、江淮一带，极目千里，人烟断绝！
一直到了四年后的文德元年（888年），才最终被同处河南的宣武军节度使朱温所败，押送长安问斩。临死前，还向行刑的京兆尹孙揆反复辩解：“我哪里是要反叛，只是一片忠心无处报效罢了！”
黄巢起义，彻底击碎了大唐近三百年建构的社会秩序，敲响了大唐的丧钟，开启了五代十国的混乱局面。
人类社会就在这无序与有序间循环往复发展！
治世时的歌舞升平，往往让人在奢华安逸中变得沉迷不醒，完全忘掉了乱世的凄怆悲凉，以至风气沦丧、人心离散、秩序坍塌。
防微杜绝，绝不仅仅是个历史问题！
所谓英雄，就是在万马齐喑的黑暗中，敢于站出来叫板命运不公，勇敢的向利益集团发起挑战！即便战败身亡，也绝不妥协低头！
单从这一点论，黄巢虽然并不完美，倒也不失是个英雄！