在椪柑岛和小智等人相遇，给正美的哥哥阿功展示过水晶大岩蛇后，小夜和鸣依再次踏上了蜜月旅行。
期间还和小智在冰天王科拿的故乡，分别和科拿进行了一次交流对战。再次遇到小智时，已经是橘子群岛的联盟大会决赛了。
小夜和鸣依坐在观众席上，观看着小智和橘子群岛的首席训练家勇次的对战。
小智真的成长了很多，皮卡丘拿下了百变怪，水箭龟非常容易的打败了大岩蛇，喷火龙拿下了妙蛙花。最终，小智竟然以三比零的优势进入了中场休息的阶段。
趁着中场休息的半个小时，小智跑去和小夜聊了几句。
这一年多的经历，让这个傻东西多少明白了小夜的苦心。
（小夜：看，之前一起旅行的时候我天天零封他，到现在他还得感谢咱呢。）
小智在橘子群岛联盟大会的最后决战很快就开始了，以妙蛙花打掉对方的电击兽，拉普拉斯和耿鬼互换后。
最后的决战来了！
身为橘子群岛的首席训练家，勇次最强大的宝可梦是一只快龙。
自从快龙上场之后，局势就有了些许逆转。快龙一路打败了小智的关东地区御三家，最后才和同样丝血的皮卡丘互换掉了。就此，小智以五只宝可梦赢下了勇次的全队，拿到了人生之中第一个最高级的荣誉。
胜利者杯，小智高举着那纯金的奖杯，和勇次一同合照。此刻，小智正式成为了橘子群岛的荣誉训练家。
橘子群岛某处海域最深处，一个漩涡慢慢的生成，一双猩红的眸子亮了起来。
海域的亚空间中，银发的少年盘膝坐在那凶兽头顶，两者的眼眸同样一片猩红。
“祂的使者啊，不要让我失望，不要辜负了尔等‘堕天神’之名号。”黄泉恶意的笑着，随意的丢出数枚漆黑的宝石，顿时那旋涡中隐藏的恶神更加拼命的挣扎了起来，封印祂的结界逐渐出现了裂纹。（cop－357－堕天神yyds，好扣爱扣。开局一把狙，决算cop，俺是扣哥！）
深海，一只银色的大鸟探出了海面。
祂忧心忡忡的注视着‘海之魔’所在的位置，神眸里满是担忧。
‘命运的齿轮开始转动了吗……海之魔露基亚，堕天之神……’洛奇亚痛苦的闭上了眼眸，‘至少，也要护住这漩涡列岛上生活的芸芸众生，以‘海之神’的名义……’
尾巴一甩，海之神洛奇亚失去了踪影，天空之上一个神级摄影师缓缓飞过。祂在冥冥之中感应到了自己又来工作了，当即就从天青山扛着摄像机赶赴了漩涡列岛。
看到小智打赢胜利者杯后，小夜和鸣依就像几人告别，再次踏上了蜜月旅行。这次的目的地是和橘子群岛处于同一片海域的漩涡列岛，据说曾经漩涡列岛是一整座岛屿，因为古时候某些事，被海之神洛奇亚愤怒之下以专属神技‘空中爆破’切成了四座。
而小智三人也再次踏上了寻找拉普拉斯族群的旅程，这段时间的经历让拉普拉斯对他们已经没有了抵触，虽然还是想回归族群就是了。嘛，毕竟是一个小孩子，突然就因为天灾人祸离开了父母，想家很正常。
（族群居无定所？拉普拉斯：有爸爸妈妈在的地方，就是家。栖息地只是暂时生活的地方，并不是真正的家。）
云层中一座庞大的空中要塞缓慢飞行着，笔直的向着漩涡列岛所在的地方前进。从世界各地收集稀有物品以及宝可梦的谜之收藏家吉尔露太坐在王座上，缓缓摇晃着手中的红酒杯。在他这座飞行宫殿的收藏室中，束缚着无数稀有的宝可梦，和很多稀世珍宝一同展览着。
“火箭队的那些蠢货，根本不懂三圣鸟的美丽。”吉尔露太不屑的说道，目光却紧紧盯着监控下沉睡的三合一三圣鸟。自从被超梦捏炸了一只畸形三圣鸟之后，显然火箭队的疯狂科学家们看到了希望。
毕竟，连最重要的超梦计划那家伙都能对抗一二，要不是生命力的问题，说不定超梦就被三合一三圣鸟拿下了。
‘希望你不会让我失望，丑陋的畸形怪物。’吉尔露太暗自想到，之所以他会花掉数百亿联盟币还搭上天大的人情买来这只三合一三圣鸟，就是为了捕捉到真正的神明，拥有神职的那三只三圣鸟。
（羊驼：？你已有取死之道！）
神战都序幕已然拉起，首先出场的就是还在飞行路上的剧场版专用摄影师——生命之水、幸运之神、气流之神的城都地区主神，拥有超神兽之位格的凤王！
等摄影师正式就位之后，领衔主演们也将要堂堂登场！
首先是这次神战中正义的一方，黑毛虫裂空座将以逐渐恢复的半残之躯，通过原始回归勉强拿回超神兽的战力作为主攻手。目前刚升级为一级神不久还能继续变强的超梦将作为祂的助手，成为这次神战的主力军。
而正方选手还有银色大鸟洛奇亚，祂拥有着洋流之神、海之神的尊称，将尽全力打击反派一方的恶神们。
相对的，反派一方出战的选手有堕世神阿尔谬斯的忠实狗腿子，身为堕天神的海之魔露基亚。祂同样是超神兽级别的位格，是反派的主力选手。此外还有强行掺乎神战的吉尔露太所带来的三合一三圣鸟，这只畸形的杂毛鸟隐隐超越了一级神，虽然生命力依旧是个大问题就是了。
至于神职三傻鸟，火神、雷神、冰神这几个憨货就只能在双方之间反复跳跃了。
除了这些神明们以外，还有很多普通的宝可梦也会出演本次正邪间的神战。
宝可梦演员介绍过了，接下来登场人类们有天命救世主小夜及其伴侣鸣依、走到哪哪里出事的大场面触发器以小智和皮卡丘为首的小团体、和漩涡列岛都Npc们。反派不出意外的话只有一个，就是那个没脑子的想要对拥有神职的神明下手的吉尔露太了。
让我们期待吧，即将来临的神战！