距离紫禁城北面一街之隔的皇家科学院内，在临近西海子一处花园内，竖立着两排东西向的平房，这里便是皇家科学院外籍院士的宿舍所在。在这两排平房前有一排开着白花的老槐，看起来甚是清幽。
邓玉函和金尼阁两人刚好分住在一东一西，这些平房虽然户户相连，但是每户之前都有修剪过的灌木围成的院子。朱由检先去看的邓玉函，和其他人种植的花草相比，他家门前的院子里倒是多了一些新奇的植物，看起来倒是一些『药』草。
院内正在煎『药』的两个年轻人，看到皇帝到来之后，顿时起身前来迎接他了。朱由检对着他们摆手说道：“不必慌张，你们随意来一个陪朕进去探望下邓先生，另外一个自去看着火候，不要将『药』煎糊了。”
两名年轻人对望了一眼之后，年纪较大，面目较为黝黑的年轻人便对着身边的年轻人说道：“傅师弟入门不久，还是我来看着『药』炉，你陪着陛下进去看完陛下吧。”
朱由检转头让随从留在门外，只让吕琦跟着自己走进了房门，临近房门之前，他不由又停了下来，对着屈身向着自己行礼的那位年轻人问道：“你叫什么名字？”
“学生郑元藏。”这位年轻人老实的回道。
“恩，你好好煎『药』，这些日子且好好照顾邓先生。”朱由检对着他这么吩咐了一句，便转头走进了房间。
皇帝进来的时候，邓玉函正半靠在软枕上看书，他此刻的身体既不能站立，也不能躺下，只有这么半靠半躺着，才能让他好受一些。当朱由检看到他的时候，便知道邓玉函的时日已经不久了，毕竟一个原本体格健壮的白人男子，现在已经瘦的快要皮包骨头了。
朱由检阻止了邓玉函想要起身行礼的举动，握住了邓玉函的双手说道：“我这些日子一时琐事缠身，倒是来迟了，想不到邓先生的身体已经…”
看着朱由检『露』出难过的表情，邓玉函倒是为崇祯开解道：“皇帝陛下不必过于忧虑，对于我们这些主的信徒来说，死亡不过是回到了主的怀抱而已，这并不是什么坏事。
我很清楚自己的病情到了什么地步，对于死亡我并不畏惧，但是对于我手上的的工作，我却有些放不下来。我原本想要学明的礼仪，在临死之前想要向陛下上一封遗书，交代一下手中的工作。
不过陛下也知道，我虽然学会了中国话，但是对于用中文写作就有些力不从心了。因此只能以拉丁文写了一封遗书，陛下今日来了，正好将它交给陛下，希望能够对陛下有所帮助。”
朱由检接过了邓玉函让身边弟子取来的锦盒，转手便交给了身后的吕琦，接着他便对着邓玉函继续说道：“邓先生写的东西，我回宫后一定会好好研究，不会辜负先生的一片心意。不知邓先生对于自己的身后之事，可有什么要求吗？或者说你在故乡可有什么亲人需要照顾吗？虽然大明和欧洲有万里之遥，但是朕还是可以派人…”
邓玉函阻止了崇祯继续说下去，他在一阵咳嗽之后，才对着崇祯说道：“我自投入教会之后，我就将我的一切奉献给了天主，这些俗务自然也有耶稣会的兄弟替我料理，陛下就不必在这方面费心了。不过我倒是还有两件事一直放心不下，希望陛下能够给予成全。”
朱由检立刻回道：“邓先生有什么心愿就说出来，只要我做得到的，一定会为先生去做的。”
邓玉函看着皇帝慢慢说道：“第一件事是，我受陛下资助，潜心研究人体解剖学，数年来终于写成一册《解剖学补注》。我很希望陛下来日能够将之颁行天下，不要让它沉没下去。”
朱由检一口答应道：“这是理所应当之事，对于医学的研究，大明不会停止。今日中西方的一些人将新医学视为洪水猛兽，但是朕可以担保，后世之人一定会记住先生为新医学开创作出的贡献的。”
邓玉函听了皇帝的话语，顿时笑了笑，『露』出了向往的神情说道：“如果陛下说的是真的，我倒是真想去看一看，那样一个时代。”
停顿了片刻之后，邓玉函便再次开口说道：“这第二件事，便是我奉皇帝陛下命令，和吴有『性』先生一起创建的皇家医科大学和宣武门新式医院。
吴先生受命前往武汉建立医学院，以研究治疗南方的各种传染恶疾，这虽然也是一件重要之事。但是陛下，目前来看，有资格带领皇家医科大学和新式医院继续前进的，只有吴先生。
新式医学将中西方的草『药』学、经验医学和最新的化学医『药』学研究融合于一体，没有一个开明而又知识渊博的学者带领，新式医学就有可能走上歪路，变成神秘学和『迷』信相结合的巫医。这是我所不愿意看到的，为了新式医学的健康成长，我希望皇帝陛下能够召回吴先生，让他接管这两所医学机构…”
同邓玉函交谈了半个多小时，看着他再次剧烈的咳嗽起来后，朱由检不得不起身告辞，让邓玉函服『药』休息了。朱由检从邓玉函家中离开时，不由对着身边那位举止从容的年轻人问道：“你师兄叫郑元藏，那么你又叫什么名字？听你的口音倒像是山西人？”
这位年轻人拱手行礼后，恭敬的对崇祯回道：“臣傅鼎臣，正是山西阳曲人，拜入恩师门下，还不足半年。”
朱由检对着他点了点头说道：“好，你和你师兄好好服侍邓先生，有什么要求，或是什么消息，便传给这边的管事，让他们通报于朕…”
在金尼阁的家门口，朱由检刚好遇到了替金尼阁检查完身体的太医，他随即向这位太医询问起了关于金尼阁的病情。
这位太医面『露』难『色』的对着崇祯回道：“陛下，请恕臣等无能，这位金传教士虽然年纪还没过六十，但是此前他数次往来重洋，身体亏空太多，现在已经到了油尽灯枯的状况，恐怕归去之期也就在这几日了。”
朱由检踌躇了一下，便再次问道：“那么，朕现在进去，他能够正常和朕交谈吗？”
太医点了点头说道：“陛下想要同他交谈并没有什么问题，臣刚刚检查过，现在他的神智还是很清楚的。”
朱由检吐了口气说道：“那就行，你且忙自己的事去吧。”
走入了金尼阁的房间后，朱由检才发现还有两位耶稣会的教士也在房间内陪伴着金尼阁。两人见到崇祯到来之后，赶紧上前向他行礼问好。
朱由检和两人简单的寒暄了几句，便坐到了金尼阁的床前，同躺在床上的金尼阁开始交谈了起来。原本没有什么精神的金尼阁，看到崇祯进门之后，倒是恢复了一些精神，他让耶稣会的同仁给他扶起，便半靠在床边同皇帝交谈了起来。
和邓玉函不同，金尼阁念念不忘的还是耶稣会的传教事业，他也清楚自己的时间已经不多，便迫不及待的再次向崇祯提道：“皇帝陛下，这几年来，耶稣会中国分会得到了陛下的庇护，终于能够进入了中国的都城，对于皇帝陛下的恩惠，外臣实在是感激不尽。
为了回报陛下的恩惠，外臣遵从了陛下的指示，所有耶稣会在中国的教士们，都在努力的翻译着从欧洲带来的书籍。如果不是外臣的身体健康问题，外臣其实还是愿意继续等待下去，等待陛下准许我天主教在中国公开传教的一天。
但是，以外臣现在的身体状况，显然已经不太能够等待下去了。因此外臣在回归主的怀抱之前，希望能够获得陛下的准许，准许我们耶稣会能够在陛下统治下的范围内自由的传教。则我耶稣会中国分会的同仁，都愿意为了陛下的光辉事业奉献自己。”
朱由检并没有立即作答，而是先环顾了房间内一眼，对着其他人说道：“你们先退出去吧，朕希望能和金尼阁先生单独谈谈。”
两名耶稣会的传教士和吕琦等人退出了房间之后，朱由检才起身对着金尼阁恭恭敬敬的拱手行了一礼，在金尼阁诧异于崇祯为何对着自己行礼时，朱由检才重新坐下对着他抱歉的说道。
“金尼阁先生和耶稣会中国分会的诸位传教士，为我大明带来了数千部书籍，还组织人手将之翻译成了中文，为欧洲和我大明的文化交流做出了杰出的贡献。在这一点上，朕要对你和诸位传教士表示感谢，这一礼朕施的心甘情愿。
但是对你最后的请求，朕却只能抱歉的再次拒绝，因为朕以为，开放传教的时机还没有到来。”
金尼阁对于皇帝的回答甚为失望，但他还是心有不甘的向崇祯询问道：“就外臣同陛下这段时间的接触看来，皇帝陛下对于我天主教的教义也并不是那么抵触，陛下也曾经说过，人民应当有信仰宗教的自由。而大明境内现在也不止一两种宗教，为何陛下不能对我天主教网开一面呢？”
朱由检拍了拍金尼阁的手臂，让他的情绪重新安宁下来之后，才真诚的说道：“金尼阁先生说的不错，朕的确说过人民应当有宗教信仰的自由，但是这里应当有一个前提，人民应当拥有分辨什么是信仰和什么是『迷』信的能力…”