小智在获得石英大赛冠军之后，在家呆了两天，就坐车去了一趟玉虹市游戏城，自从知道自己和坂木的关系后，小智做了个决定：以后缺少稀有宝可梦的时候就去玉虹市的游戏城看看，有没有想要的宝可梦。如果有就直接拿下，小智这次的目标就是两只伊布。
到了游戏城后，依旧是之前的那位工作人员，小智也不废话，直接兑了一颗不知道是什么宝可梦的精灵蛋和两只伊布。之后，见没有想要的东西了，小智就坐车回家了。
第二天早上，小智一行人吃完早餐后，小智就对花子说道：“妈，我和小霞还有小刚一起去大木博士研究所了。”说完，就和小霞还有小刚一起前往大木博士研究所。
到了大木研究所，小智一进来就喊道：“大木博士，我来交换宝可梦了。”大木博士笑着回应道：“是小智啊，换宝可梦干什么啊？是不是去训练啊？你可真勤奋啊！”
小智见大木博士误会了，就说出了自己的打算：“不是了，我打算去橘子群岛挑战那边的橘子联盟。”
小霞一脸疑惑地问道：“橘子群岛？橘子联盟？那是什么啊？”小霞本来以为小智是来看宝可梦的，没想到是要到新地区进行新的挑战。
大木博士为小霞科普道：“那是在关都地区以南的群岛的统称。”小刚听到群岛后，立刻联想到穿着泳装的大姐姐，露出了一脸痴汉的表情，激动地对小智说道：“啊！常夏之岛，穿泳装的大姐姐们，真好，真好！我要去！”小霞听到大海之后，也激动起来：“大海啊！有很多的水系宝可梦！我也要一起去！”
大木博士突然想到什么似的，对小智说道：“啊！对了，你们要去橘子群岛，我想拜托你们一件事。”小智立马回答道：“你说吧，大木博士，是什么事？”大木博士就直说道：“去岱柑岛的内木博士研究所拿一颗特殊的精灵球。”
小刚这时发话了：“让她传送给你不就好了吗？”可大木博士却说道：“那颗精灵球的特殊性就在这里了，它是颗无法传送的精灵球，而小茂又跟他的爸爸青绿去特训了，赤也不知道去了哪里，所以我才会拜托你们啊！”
小智听完后立刻说道：“好！这件事包在我身上了！不过，要等我挑战完橘子联盟才能带回来给你。”大木博士也说道：“好！我很期待你得到胜利者杯哦！你这次要拿走哪些宝可梦啊？”小智立刻开始点名：“皮卡丘，再就是两只刚收服不久的伊布吧，还有迷你龙也带上，就这些了。其它的宝可梦们就留在这边吧。”
大木博士就去研究所的后院将小智点名的宝可梦收回精灵球，拿出来递给小智，小智接过精灵球后和大木博士告辞之后就和小霞还有小刚一起前往橘子群岛了。
小智一行人离开真新镇，新一轮的挑战开始了。