小智三人走在旅行的路上，小智一边走路一边回忆着剧情：妙蛙种子，小火龙，下一处是杰尼龟军团了。想到杰尼龟军团，小智突然停下了脚步，对皮卡丘说道：“皮卡丘，麻烦你对前面的路扫荡下，十万伏特。”皮卡丘虽然不懂为什么，但还是释放出十万伏特将眼前的草丛扫荡了一下，小智看着出现的一个个坑，心说：果然如此！
就在这时，一群杰尼龟突然出现，在小智一行人还没反应过来，释放了水枪，把小智一行人淋成了落汤鸡。
这可把小霞惹火了，只见小霞怒气冲冲地对杰尼龟军团吼道：“可恶啊！你们这群杰尼龟是怎么回事啊？这么没礼貌！”吼完后就要去教训这群杰尼龟，小智立马伸手拉住小霞：“冷静一下。我看这些杰尼龟没什么恶意。就是喜欢恶作剧。”
这时警笛声从远处传来，而杰尼龟军团听到警笛声音感到不妙，就立刻都逃跑了。君莎小姐赶到后第一时间关心起小智一行人的安全：“你们都没事吧？”小霞生气地回答道：“怎么没事？没看见我们三个人都成了落汤鸡了吗？”小智揺手表示没事，小刚则难得地没犯花痴，只是问了一下：“君莎小姐，请问那些杰尼龟是怎么回事？”
君莎小姐和小智一行人边走边说道：“那些杰尼龟都是曾经被训练家抛弃的宝可梦，后来走到一起，组成了杰尼龟军团，到处搞乱，恶作剧。比方说在房屋墙壁上涂鸦，抢劫水果之类的事情。”说完，叹了口气，感慨道：“要是当初遇上好的训练家就好了！”
听到这里，小智也有所触动，因为被自己收服了的宝可梦都有类似情况。小霞也不生那些杰尼龟的气了，毕竟所谓的杰尼龟军团也只是群搞蛋鬼而已。
就这样，小智一行人跟着君莎小姐来到了一个小镇上，小智从君莎小姐的口中得知了杰尼龟军团就是在这里聚集的，君莎小姐还要小智一行人小心点，别中了杰尼龟军团布置的陷阱。小智一行人也都点了点头，示意自己知道。随后，君莎小姐以公务为由，和小智一行人分开了。
就在小智一行人和君莎小姐分开不久，一不留神就中了个陷阱，不过这次不是杰尼龟军团，而是老熟人——火箭队挖的。中了陷阱后，小智问道：“这里怎么有陷阱啊？”
“……（火箭队经典登场台词）”
小次郎率先说道：“这次你们中了陷阱，奉劝一句：乖乖地把皮卡丘交出来！”武藏附和道：“没错，我们只要皮卡丘。”看到火箭队没做防电措施，小智立刻让皮卡丘攻击：“皮卡丘，使用十万伏特吧！”
在一声“好讨厌的感觉啊！”的叫喊声中，火箭队又被赶跑了。小智一行人也乘机从陷阱中出来。
从陷阱中出来的小智一行人发现自己已经被杰尼龟军团包围了，见自己被杰尼龟包围了，小智和小霞知道必须将这些杰尼龟收服才行，小刚则对这些杰尼龟不感兴趣，所以只有小智和小霞放出自己的宝可梦来战斗。
小智派出皮卡丘，对战杰尼龟中的老大，小霞则派出自己的宝石海星，和其它杰尼龟战斗。小刚则看着小智和小霞。
“皮卡丘，使用十万伏特。”
“宝石海星，我们也使用十万伏特。”
就这样，杰尼龟们一点反抗都没有，就被皮卡丘和宝石海星的十万伏特电晕了，小智收服了杰尼龟的老大，小霞则将其它杰尼龟收服了，不过，小霞的杰尼龟全都被传回了华蓝道馆，小智则把超音蝠传回去了，杰尼龟留在小智的身上。
杰尼龟军团解决，小智一行人接着踏上旅途。