袁可立受命赞理东征军务，备兵防海，“节制两镇，凡一应兵马钱粮、征收调遣、防剿功罪尽归经理”。
他运筹帷幄，指挥大将沈有容和张盘飞船往来攻袭于辽海各岛间，战线绵延至千余里，多次挫败后金对明朝沿海一带的侵扰。
天启二年（1622年）十二月，袁可立利用地震的“示警”作用再次向朝廷奏报，要求拨付足够的费用“修战舰，备器械，制炮设墩，旌旗相望。”然后用登、莱兵图四卫之南。无事则更番防守，有事则合并策应。又设南游、北游两营，各分讯地，侦逻于广鹿诸岛之间，时东时西，忽远忽近，使敌望之不知所攻，亦不知所守。
如遇运艘经过，便当拨兵防护，期保无虞，从此琉球、朝鲜海运得通，开创了中国军队国际护航的先河历史。
明天启三年、后金天命八年（1623年）春夏间，努尔哈赤下令大肆屠戮旅顺一带的百姓，袁可立令登莱水师大兵出海，“联络诸岛，收复旅顺”，以图解救沦陷区内的离散百姓。三年三月，他亲自挑选精兵三千六百人，命总兵沈有容领之先发，出海于旅顺、皇城、广鹿、平山等岛。三月十二日，又命副将李性忠率数千辽左健士相继进止以固榆关，此时袁可立的目的就是大兵压境震慑南四卫，即海州卫、盖州卫、复州卫、金州卫。
天启三年、后金天命八年六月初四，袁可立令两镇兵马奇兵出袭，“督兵过海，乘虚捣之”。沈有容起兵“自皇城岛掩袭旅顺南四卫”策应于南，毛文龙“自皮岛掩袭镇江九连城”抄袭于北。袁可立命沈有容以舟师赴岛上，与毛文龙连兵应之，朱家龙从千家庄出击，王辅从凤凰城进军，曲承恩出兵昌城，易承恩直捣满浦，收复岫岩、盖州、汤站、凤凰城、镇江一带共计千余里。”
袁可立又设计策反努尔哈赤的女婿刘爱塔，命张盘率领军队和登莱招抚的辽民混编的队伍夜袭金州，乘胜收复要塞旅顺、连克金、复、盖三卫及红嘴、望海、永宁等要地，收复辽南海岛疆土千余里，后金“四卫已空其三，使辽南土地重新收归于明朝。
金州、旅顺和复州、永宁等地的收复，在辽海开辟了辽东战场的新局面，使登莱、旅顺、皮岛、石城、宽叆等地连为一条弧线，对努尔哈赤形成了一道大大向前延伸的屏障和包围圈，不但解除了后金对山东半岛的军事威胁，也令明朝千里海疆重新得到整固，形成了对后金的海上军事封锁，加重了后金占领区内战略物资的紧张状况。
当年九月秋收，李永芳部后金军再次大肆侵略旅顺和金、复等地，四面出击掠夺百姓秋粮，袁可立乘风纵火，“焚其积聚，举两月之捆载为之一空“。
十月，愤怒的努尔哈赤调集更多军队对明军进行反扑。袁可立利用辽民对后金的痛恨，令明军于复州、永宁和金州、旅顺一带两路设伏，乘夜以火把袭城，以火箭射焚敌营，彻夜透明，杀声震天，后金大败而去。十月初五，大将张盘在登镇沈有容的策应下，复于城外设伏，夜三更火攻大败后金军，并乘势收复与复州及永宁相邻的数堡。明廷朝野相庆，以为“设镇以来自未有此捷也。”
天启四年（1624年）正月初三，后金利用海水结冻之机，以万余骑绕袭旅顺，以报袁可立火攻夜战的惨败之仇。袁可立待敌而动，他对登莱和东江两镇的水师进行了新的布局，令明军在旅顺城外险关设伏，而沈有容则率水师游离于沿海各岛间奇袭策应，明军在张盘的带领下死守城池，直到火药用尽，犹坚守不降，后金又一次无计可施。
袁可用辽南的一盘棋，下活了整个辽东，由原来的节节败退丧地失城转为以攻代守收复辽南。
努尔哈赤连吃败仗，退出南三卫大片沃土，“三年不敢窥辽西”，这是努尔哈赤对明兴兵以来最低潮的三年。”
1623年，就在努尔哈赤连吃败仗的之际，佟佳·扈尔汉也随着额亦都、安费扬古的脚步永远的离开了努尔哈赤。
佟佳·扈尔汉，清初开国五大臣之一，满洲正白旗人，世居雅尔古寨，从其父归顺建州，努尔哈赤收为养子，赐号觉罗氏。每战必为前锋，从灭乌喇，多有战功。后金开国后，执掌镶白旗，赐号达尔汉。天命四年，参加萨尔浒之战，败明军抚顺、开原二路。旋又设伏，与诸贝勒尽歼明将刘綎所部五万人。五年，在沈阳败明总兵贺世贤，天命八年，去世，终年四十八。
天命十年（1625年）三月，努尔哈赤迁都沈阳。