蒋世有留下了500兵马和5艘战船，其余人马修整一夜后，探船率先出发向马尼拉进发探路，大军随后跟上；
当地的大明移民家族开始配合驻军管理拉瓦格，俘虏的西班牙人在书记官的管理下，开始在选定的地方伐木修建房屋。
再次南下时舰队的行进速度没有在全速前进，因为已经接近马尼拉了，所以要多派侦查船探听消息，一定要稳妥一点，不能打草惊蛇最好是能把吕宋的西班牙舰队一次全歼，这样能省很多的麻烦。
就算是腾锐已经可以降低了速度，但还是在第二天的上午就来到了马尼拉的外海，大量的侦查船陆续返回舰队，向腾锐带来了马尼拉的消息；现在西班牙的舰队都在马尼拉港口，大小船只50余艘，其他海域没有发现战船，可以行动。
腾锐找来蒋世有商量了一下，决定下午一点正式行动，此时刚好是午饭时间，应该也是防备最松懈的时候。
决定了攻击时间，所有士兵开始提前吃饭、休息，养精蓄锐等待攻击时间的到来。
为了更稳妥的解决西班牙舰队，腾锐让蒸汽船牵引战列舰，这也是首次将次战术在对敌时使用，这就显示出了腾锐对西班牙舰队的重视。
时间很快来到了下午一点钟，舰队的主力战舰全部升起风帆，蒸汽船也冒起黑烟，马力全开，整个舰队快速向马尼拉前进；但是当舰队刚刚接近马尼拉港口时，岸上突然出来了警钟的声音，西班牙舰队不愧是欧洲的强军，就算是吃饭时间也没有放松警惕，岸上的士兵都在快速的登船，准备驾驶战船迎敌，但是他们对于有蒸汽船牵引的战舰来说还是太慢了。
很快腾锐就率领舰队抢占了有利的位置，并迅速调整好战舰的火炮，一部分对着岸上的岸防炮开火炮击，一部分对着港口里的西班牙战舰开炮。
随着一轮轮的火炮轰鸣，港口里的很多西班牙战舰风帆还没有升起来就被火炮集中，漏水，开始缓慢下沉。士兵纷纷跳海向岸边游动。
炮击进行了半个多小时，港口里再也没有一艘完整的战船，岸边的岸防炮台也基本都被摧毁了，就算还有个别剩余的，这时也不敢开跑；如果现在开炮迎接他们的将士舰队的狂轰乱炸。
腾锐下令舰队向一处海滩驶去，快到岸边时纷纷放下小船载着陆军去登陆。
岸上还有一些西班牙人在构建防线，阻止陆军的登陆，但是很快就被战舰上的火炮给瓦解了。陆军快速的登陆，现在海陆军配合已经非常好，因为平时的训练就包括了登陆作战，所以登陆后陆军迅速向码头前进，要先拿下码头建立防线，这样运兵船就能停靠码头，陆军的登陆就会更快。
两个小时后，登陆部队成功占领码头，在战舰的掩护下，运兵船快速的靠岸，陆军纷纷从船上下来，然后就地驻守，等蒋世有从船上下来，登陆的陆军已经达到了3000余人；
蒋世有当即下令留下500人驻守码头接引陆军登陆，他亲率2500人向马尼拉城攻去，西班牙人占领马尼拉也就50余年，现在的马尼拉还不是很大，人口加上当地的土着城里也就多人，西班牙有5000余人，士兵3000多，但是现在肯定没有这么多了，有一部分已经葬身大海了。
蒋世有看着面前的城堡和并不十分高大的城墙，派了一个东西班牙语的百姓上前喊话，这个百姓是他从拉瓦格特意挑选的；让城里的西班牙人投降。
蒋世有并没有急着进攻，他只是看着不让这些西班牙人逃走，不然这些人逃进了山林，他还要浪费更大的人力去追剿。现在没过半个小时就有2000人抵达城堡外围，他等又到了两批士兵后，看西班牙人没有投降的意思，命令炮兵先向城堡和城墙发起炮击，摧毁敌方的火炮。
随着火炮的攻击，只是进行了五轮炮击，城堡的火炮就全部被摧毁，城墙坍塌；然后他命令停止炮击，继续喊话，如果在不投降就立即攻城。
城堡里的西班牙人看对方火力凶猛，人数众多，马尼拉总督施尔瓦此时就在马尼拉的城堡中，他听着外面的火炮声停歇了，又开始喊话任他们投降，他找来提督安敦尼共同商议该怎么办，最后两人一直决定投降，
因为现在他们一共只有2000多名士兵，而且火炮已经全部悲催了，城墙也坍塌了，他们一定守不住的，所以干脆投降，还有希望活命。
既然决定了投降，他们立即找来一名官员作为代表去谈投降的事宜，但是很快这名官员就带回了对方拒绝有条件的投降，并威胁如果再不投降，就用火炮彻底轰塌城堡，杀死所以的西班牙士兵。
最后他们只能宣布无条件投降，举着白旗走出了城堡，蒋世有派遣士兵收缴了他们所有的武器，并把所有西班牙俘虏分开关押在了几个地方，至此马尼拉之战彻底结束。
等陆军彻底占领了马尼拉后，腾锐等上了马尼拉的土地，他找到了蒋世有，一起向黄煜写了一封捷报，并派遣蒸汽船立即送了出去；详细的向黄煜说明了战斗的经过，并向黄煜表示已经可以派遣船队运送移民了，现在西班牙的主力已经被消灭，还剩下一些残兵分散在周围的小岛上，他稍后会派出舰队进行清理；还向黄煜请示该怎么处理被俘的西班牙总督和这些士兵，如果人少他们自己就处理了，但是现在一共有3000余西班牙人就比较麻烦了，里面更有以为西班牙的总督。
他们向黄煜发出捷报后，蒋世有留在了马尼拉，开始整顿马尼拉，为移民的到来做准备，而腾锐则是留下了50余艘战船，把其余的战船一分为八队，每队有30艘船只组成对周围的岛屿尽情清理，要保证以后吕宋的安全。
当黄煜收到他们捷报的时候，已经是两天后了；他知道西班牙在马尼拉的军队不多，战胜没有什么问题，但是没想到会这么快，距离舰队出发才刚刚过去了六七天，现在就已经基本那先了吕宋，还真是惊喜。他忙打开两人的捷报，知道了战斗过程，很是高兴。
立即调派船队前往台南准备运送移民前往吕宋，又给台南的刘孝林去了命令，让他配合协调尽快完成移民的甄选。把台南多余的百姓全部移到吕宋去，并任命他为吕宋总督，负责吕宋所有的民事。
又让工部派遣建筑队和各个建筑工坊中抽调技术人员前往吕宋协助当地的基础建设。
他终于又有了一个可以大量安置移民的地方了。
这些年，大明虽然对上后金失败的多，胜利的少，黄煜也是起到了很大的作用的，只是这些作用知道的人不多而已，不说他私下卖给辽东那些将领亲兵的优质火铳；就说他从辽东移走的百姓都有100多万人了，不然这些人多数都会落在后金的手里，只会增加后金的实力。
现在他不但将这些百姓全都移了出来，还养的好好地；而且他还在原辽东都指挥使司今天旅顺建立了一个基地，方便移送辽东的百姓，但是这几年后金动作频频，一直在向前压制，活动的空间越来越小，想到这黄煜都想出兵旅顺了，但是现在还不是时候，还是只能等。
现在拿下了吕宋，前段时间减缓的广东移民也可以大力进行了，同时黄煜还向湖广、四川、贵州传信，可以把当地一些不服管教，容易生乱或是没有土地的百姓，通过长江一路运送出来，全部移到吕宋去。这两年陕西一直都有灾荒，流民遍地，很多都逃难到了四川、湖广，给两地增添了很多的不稳定因素，现在刚好是个解决的机会。
黄煜又给蒋世有和腾锐下令，让他们给俘虏要钱，总督万两银子，士兵100两，可以允许他们向亲朋好友写信，只要收到银子就放人，没有收到银子之前可以暂时管他们吃饭，但是需要给他们安排工作，刚好吕宋要进行大建设，缺少人手把他们都派过去干活。
不愿意交银子，又不想干活的，不给饭吃。
让腾锐尽快完成周边岛屿的清剿任务，给马尼拉留下一百艘船其余人马，撤回修整。对于自愿留下的士兵或选择移民到吕宋的士兵，没人50亩地，当兵期间全家免税，以后不当兵了税一成，自己无法耕种的，可以用当地土着耕种，具体的事让他们自己解决，只有一点，不能欺负当地的汉民和大明的移民。