形式越来越急迫了，毛文龙不得不决断了。
依毛文龙的脾气，杀了袁崇焕也无不可。但是袁某人是朝廷的督师，朝廷大员，杀了袁崇焕更坐实了“毛文龙拥兵自重，图谋不轨”的罪名，这本是登莱总兵杨国栋和袁崇焕欲加于毛文龙之大罪，不是给人口实吗？不造反也是造反了。
对袁崇焕逆来顺受，更不可能，袁崇焕已经举起屠刀，据说还是后金提出的议和条件，不杀毛文龙，袁崇焕无法与后金议和。“议和”是袁崇焕的当前大计，所以他是非杀毛文龙不可的。
真的就应了那密信的话，只有告病还乡，交出权力和军队。即便如此，是否遂了袁崇焕之心还未可知？
毛文龙和他的亲信们最后商议的结果是：
毛文龙给朝廷发一封奏折，说明事情原委，特别点出对后金议和是宠惯贼寇的行为，绝无好结果。毛文龙父子交出所有权力和军队，辞去官职，告病还乡。奏折秘密走水路送达南京兵部，转交北京朝廷。如果直接送往北京要经过山东登莱总兵杨国栋的地盘，走大沽口更是袁崇焕的天下，均不可能安全送达朝廷。
明朝有两个都城，这在历史上是很独特的现象。永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。南京有只有为数不多的几个有实权的部门，像南京兵部、南京守备太监、操江提督、锦衣卫的南镇抚司等，其他都是虚职。
毛文龙把东江军队分为五个协，分别由刘兴祚、耿仲明、林茂春、孔有德、曲承恩，五人临时分别看守管理，等待朝廷命令。
五月二十八，袁崇焕到达双岛（金州海外西南），随即传毛文龙到双岛。
事急矣。毛文龙传令安排船只，做好出海准备。
六月初一夜间，由李、王两位师爷各执一份相同的奏折，分乘两艘快船，扮作行商，乘夜色分批出发，每船派家丁10人护送。先到达南京的则将奏折递交南京兵部。
六月初三，袁崇焕催促公文又到。并质问抓捕关宁水兵之事。毛文龙不得不行动了。当日将随行物品搬运上船，家眷和随行家丁同时上船。安置就绪。
六月初四凌晨，毛文龙传令：到中午时分，释放拘捕的关宁水军兵丁；府中大堂上，留下告病公文。毛文龙父子登上兵船，悬挂出左都督旗帜，卯初（凌晨5点）拔锚起航，南下返乡，连同护送兵船共10艘，组成临时舰队，取皮岛路径，然后，直航杭州。
东江军的战舰不是很多，这10艘船几乎是东江军的所有家底了。由于后金基本没有海上力量，所以处于前线的几支部队，如东江镇、关宁、登莱水上力量都不是很强。
中国毕竟是大国，说海军力量不强，仅仅是相对大国地位而言。周围的小国，像日本、朝鲜、琉球甚至西方已经到达亚洲的航海列强也是惹不起的。东江镇、关宁、登莱有北方的海军力量，南京也有水军，福建的海军最强，主要是归降朝廷的郑芝龙部，当时的海上强国荷兰都是手下败将。南海琼州还有海军。在中国近海大明朝廷不惧任何敌人，只是不能到远洋争霸罢了。
......
袁崇焕得到毛文龙出走的消息已经是中午时分。毛文龙已经走了三个时辰（6个小时）了，而且是一路向东偏北（皮岛方向），风向侧风，已经走出数百里了。
袁崇焕气急败坏，手中的精致茶杯摔得粉碎，双岛在金州半岛（辽东半岛）的西侧，毛文龙从半岛东侧出海向东航行，袁崇焕要追必须绕过半岛，这又增加了100多里。多快的船也追不上了。虽然袁崇焕事先在东边布置了六艘兵舰，是用来防备毛文龙逃跑的。那只是防备毛文龙狼狈逃窜，而不是有计划的逃跑。关宁军水军的船只、装备强于东江水军，但是士兵的战斗力是比不上东江水军的。如果用六艘对东江军十艘兵船绝对是败仗。
袁崇焕的判断很正确，毛文龙的十艘船一出海，就碰上了预先埋伏于此的六艘战舰。这六艘战舰上，挂有关宁水军的旗帜，见来船上有毛文龙的左都督旗帜就包抄上来，并打出旗号勒令停船检查，这六艘船只有一艘大船，大约一千料，其余都是500料以下的小船。
这个时代的海战，跳帮作战还是很常见的战法，就像陆战中的拼刺刀。双方的战船都只有部分船只安装了火炮，其他船上仅有手拿弓箭和大刀长矛等待跳帮的士兵。
毛文龙一方的官兵都很气愤，明明悬挂左都督的旗帜还敢阻拦，真是不要命了。毛文龙的坐船2000料，另有三条1000料的大船，这三艘战舰是东江水军的主力战舰，都装有数十门火炮，其余也在500料以上，火炮较少，有的船根本就没有火炮。东江军战斗力远强于关宁军。
毛文龙命令战舰排成斜线迎战队形，距离一里（500米）之外不准开炮。红衣大炮可以打八到十里，毛文龙的船上没有红衣大炮，有几门佛郎机炮，大部分都是1000斤以下的火炮，木制战舰上承受的后坐力有限，这些船只承受不了更大的火炮。这些炮，最大射程三到五里，这些都是铸造的滑膛炮，打出去的是个铁嘎达，能打三、五里不假，没有任何准头，到了一里之内，炮的准确性就有了，攻击力度也大，虽然海战不多，但是，毛文龙经常打仗，知道这些，所以宁可挨上几炮，也要等近了再打。
关宁军一方很嚣张，也许仗着袁崇焕的上官命令，也许是不懂海战，明明处于劣势，还是把六艘战舰排了个倒雁翅阵型，包抄着就冲上来了。好像生怕对方漏网跑掉似的。双方对面行驶很快进入了五里以内，关宁一方先开火了，随着“轰！轰！”的炮声，炮弹在前方落水，激起冲天的水柱，显然开炮太早了，射程不够，看来对方也没有红衣大炮。随着距离拉近，炮弹落点开始接近。到了接近两里的距离时，关宁水军的船都来一个侧转，露出船侧舷的火炮，大船一侧有十门左右，小船也有三四门炮，有两艘小船没有火炮。十几门大炮一同开火，声势也是不小，只是效果太差。东江水军的船还是正面行驶，迎面面积小，加上炮弹不准，基本上都打到水里，但是，总有个别炮弹命中，也是打得风帆翻滚，木屑横飞。关宁军的指挥官也纳闷，对方直撞过来，就是不开火，没有大炮？撞船？可能是，他们的船大。接舷跳帮？对，有这个可能，他们穿多人也多。正要下令：保持距离，避免冲撞时，对方的船转身了，露出侧舷的火炮，这时双方距离大约一里（500米），十艘战舰，数十门火炮同时开火，炮声震天，头一轮炮就使不少船只中弹，那艘1000料的大船被重点照顾，船头侧面吃水线的位置，被打了个大洞，海水灌入船中，船开始减速。呼呼的链弹，把风帆搅得乱七八糟。其他船只也有挨炮弹的，但是都不严重。
俗话说，趁你病，要你命，东江军的三艘主力战舰都凑过来，这时距离已经不足一里，一顿炮弹，把这艘船打了个千疮百孔。眼看着侧倾翘头，一下子就坐到海底去了。船沉得太快，只有少数人来得及跳海逃生。
一看形势不对，对方动了真格的，真敢打，指挥船沉了，剩下的五艘小船掉头就跑，也顾不得救人了。毛文龙命令不要追击，打捞落水者，统计战损。
己方的损失报上来了。战船轻伤一艘，副桅杆打断可以维修，其余都是风帆受损，可以更换或修补，阵亡六人，被炮弹打中头部或要害部位，伤21人，已经救治，其中重伤三人。
敌方，击沉一艘1000料的战舰，阵亡预计七八十人，多为沉船速度太快，没跑出来，俘虏14人（打捞上来的）。
毛文龙下令修补船上桅杆，关押审讯俘虏，休整后，继续开往皮岛方向。皮岛是东江军的重要据点，后事需要安排妥当，跟随多年的部下也要见一面，有所嘱托。
---第53章完---